PDB-2lu1: pfsub2 solution NMR structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lu1

タイトル

pfsub2 solution NMR structure

要素

Subtilase

キーワード

HYDROLASE / Sub2 inhibitor prodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

microneme membrane / subtilisin / membrane protein ectodomain proteolysis / cytoplasmic vesicle / serine-type endopeptidase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

He, Y. / Chen, Y. / Ruan, B. / O'Brochta, D. / Bryan, P. / Orban, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Solution NMR structure of a sheddase inhibitor prodomain from the malarial parasite Plasmodium falciparum.
著者: He, Y. / Chen, Y. / Oganesyan, N. / Ruan, B. / O'Brochta, D. / Bryan, P.N. / Orban, J.

履歴

登録	2012年6月6日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月10日	Group: Database references
改定 1.2	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lu1.cif.gz	593.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lu1.ent.gz	489.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lu1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lu1_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lu1_full_validation.pdf.gz	638.1 KB	表示
XML形式データ	2lu1_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	2lu1_validation.cif.gz	58.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/2lu1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/2lu1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1nm4-d 2qho-1 2xl6-d 2yjl-3 4icw-d 3oj3-4 1u7m-d 2xj3-d 4jon-2 3oj3-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18504

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (9) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Subtilase

17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 500	structures with acceptable covalent geometry
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Subtilase 分子量: 17721.326 Da / 分子数: 1 / 断片: sheddase inhibitor prodomain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: sub-2 / プラスミド: pPal7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O97364

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D C(CO)NH
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HN(CA)CB
1	6	1	3D HBHA(CO)NH
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	9	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	10	1	3D H(CCO)NH

-
試料調製

詳細

内容: 0.3 - 0.4 mM [U-13C; U-15N] pfsub2, 100 mM potassium phosphate, 10 mM sodium azide, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	単位	構成要素	Isotopic labeling	Conc. range (mg/ml)	Solution-ID
	mM	pfsub2-1	[U-13C; U-15N]	0.3-0.4	1
100 mM		potassium phosphate-2			1
10 mM		sodium azide-3			1
5 %		D2O-4			1

試料状態

イオン強度: 0.1 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 310 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software	名称: CNS / バージョン: 1.21 / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraints	NOE constraints total: 956 / NOE intraresidue total count: 601 / NOE long range total count: 88 / NOE medium range total count: 56 / NOE sequential total count: 211
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)