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万見
- PDB-2lsp: solution structures of BRD4 second bromodomain with NF-kB-K310ac ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lsp
タイトルsolution structures of BRD4 second bromodomain with NF-kB-K310ac peptide
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • NF-kB-K310ac peptide
キーワードPROTEIN BINDING / NF-kB / BRD4 / HIV / bromodomain / kidney disease
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / response to cobalamin / cellular response to peptidoglycan / ankyrin repeat binding / Regulated proteolysis of p75NTR ...prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / response to cobalamin / cellular response to peptidoglycan / ankyrin repeat binding / Regulated proteolysis of p75NTR / CLEC7A/inflammasome pathway / SUMOylation of immune response proteins / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / postsynapse to nucleus signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / Interleukin-1 processing / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / defense response to tumor cell / cellular response to interleukin-6 / actinin binding / response to UV-B / non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of miRNA metabolic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / interleukin-1-mediated signaling pathway / NF-kappaB complex / signal transduction involved in regulation of gene expression / vascular endothelial growth factor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of amyloid-beta formation / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / phosphate ion binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / RNA polymerase II C-terminal domain binding / TRAF6 mediated NF-kB activation / P-TEFb complex binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of DNA damage checkpoint / cellular response to angiotensin / Transcriptional Regulation by VENTX / The NLRP3 inflammasome / histone H4 reader activity / general transcription initiation factor binding / cellular response to interleukin-1 / host-mediated suppression of viral transcription / hair follicle development / response to cAMP / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / neuropeptide signaling pathway / NF-kappaB binding / response to amino acid / cellular defense response / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / NF-kB is activated and signals survival / : / response to muscle stretch / response to cytokine / positive regulation of interleukin-12 production / antiviral innate immune response / peptide binding / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / response to interleukin-1 / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of miRNA transcription / response to progesterone / negative regulation of angiogenesis / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / response to ischemia / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / condensed nuclear chromosome / animal organ morphogenesis / positive regulation of interleukin-1 beta production / Activation of NF-kappaB in B cells / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin DNA binding / protein catabolic process / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / liver development / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / CLEC7A (Dectin-1) signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of protein catabolic process / response to insulin / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. ...Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / p53-like transcription factor, DNA-binding / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 4 / Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Homo Sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Zhang, G. / Liu, R. / Zhong, Y. / Plotnikov, A.N. / Zhang, W. / Rusinova, E. / Gerona-Nevarro, G. / Moshkina, N. / Joshua, J. / Chuang, P.Y. ...Zhang, G. / Liu, R. / Zhong, Y. / Plotnikov, A.N. / Zhang, W. / Rusinova, E. / Gerona-Nevarro, G. / Moshkina, N. / Joshua, J. / Chuang, P.Y. / Ohlmeyer, M. / He, J. / Zhou, M.-M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Down-regulation of NF-kappa B transcriptional activity in HIV-associated kidney disease by BRD4 inhibition.
著者: Zhang, G. / Liu, R. / Zhong, Y. / Plotnikov, A.N. / Zhang, W. / Zeng, L. / Rusinova, E. / Gerona-Nevarro, G. / Moshkina, N. / Joshua, J. / Chuang, P.Y. / Ohlmeyer, M. / He, J.C. / Zhou, M.M.
履歴
登録2012年5月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年11月6日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NF-kB-K310ac peptide
B: Bromodomain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5062
ポリマ－16,5062
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド NF-kB-K310ac peptide


分子量: 1663.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q04206
#2: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 14842.058 Da / 分子数: 1 / Fragment: second bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60885
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D HN(CA)CB
1223D HN(COCA)CB
1323D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY aliphatic
1513D 1H-13C NOESY aromatic
1613D 13C-Edited-15N/13C filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1100 mM sodium phosphate, 5 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2O100% D2O
2100 mM sodium phosphate, 5 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMsodium phosphate-11
5 mMDTT-2[U-100% 2H]1
100 mMsodium phosphate-32
5 mMDTT-4[U-100% 2H]2
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003
Bruker DRXBrukerDRX5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
NMRPipe7.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipe7.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift calculation
TALOS3.70F1Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificpeak picking
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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