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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ls7 | ||||||
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タイトル | High Definition Solution Structure of PED/PEA-15 Death Effector Domain | ||||||
![]() | Astrocytic phosphoprotein PEA-15 | ||||||
![]() | APOPTOSIS / six helix bundle / death effector domain / death domain superfamily | ||||||
機能・相同性 | ![]() RAF-independent MAPK1/3 activation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RAF/MAP kinase cascade / negative regulation of glucose import / response to morphine / microtubule associated complex / carbohydrate transport / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / DNA damage checkpoint signaling / protein kinase C binding ...RAF-independent MAPK1/3 activation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RAF/MAP kinase cascade / negative regulation of glucose import / response to morphine / microtubule associated complex / carbohydrate transport / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / DNA damage checkpoint signaling / protein kinase C binding / intracellular signal transduction / apoptotic process / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | fewest violations, model9 | ||||||
![]() | Twomey, E.C. / Wei, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-definition NMR structure of PED/PEA-15 death effector domain reveals details of key polar side chain interactions. 著者: Twomey, E.C. / Wei, Y. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 575.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 491.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 550.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 119.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 104.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10708.981 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] phosphoprotein enriched in astrocytes 15A, 93% H2O/7% D2O 溶媒系: 93% H2O/7% D2O |
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試料 | 濃度: 1 mM / 構成要素: phosphoprotein enriched in astrocytes 15A-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] |
試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software | 名称: ![]() |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
NMR constraints | NOE constraints total: 1985 / NOE intraresidue total count: 341 / NOE long range total count: 483 / NOE medium range total count: 611 / NOE sequential total count: 464 |
代表構造 | 選択基準: fewest violations |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |