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万見
- PDB-2ls0: Solution Structure of the Target Recognition Domain of Zoocin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ls0
タイトルSolution Structure of the Target Recognition Domain of Zoocin A
要素Zoocin A endopeptidase
キーワードHYDROLASE / specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


lysostaphin / metalloendopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Target recognition domain of lytic exoenzyme / Lytic exoenzyme, target recognition domain / Lytic exoenzyme, target recognition domain superfamily / Target recognition domain of lytic exoenzyme / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidase, M23/M37 family
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus equi subsp. zooepidemicus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Timkovich, R. / Chen, Y. / Simmonds, R.S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Solution structure of the recombinant target recognition domain of zoocin A.
著者: Chen, Y. / Simmonds, R.S. / Young, J.K. / Timkovich, R.
履歴
登録2012年4月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22013年1月30日Group: Database references
改定 1.32013年3月27日Group: Database references
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Zoocin A endopeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0901
ポリマ－14,0901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Zoocin A endopeptidase


分子量: 14089.651 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 170-285 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus equi subsp. zooepidemicus (バクテリア)
遺伝子: zooA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O54308

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1332D 1H-1H TOCSY
1432D DQF-COSY
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D HN(CA)CB
1913D HN(CO)CA
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D HNHA
11213D 1H-15N NOESY
11323D 1H-15N TOCSY
11413D 1H-13C NOESY
11513D CCC-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.4 mM [U-95% 13C; U-90% 15N] protein, 10 mM potassium phosphate, 0.1 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.7-1.4 mM [U-90% 15N] protein, 10 mM potassium phosphate, 0.1 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.7-1.4 mM protein, 10 mM potassium phosphate, 0.1 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.7-1.4 mM protein, 10 mM potassium phosphate, 0.1 mM sodium azide, 99.8% D2O99.8% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
2.4 mMentity-1[U-95% 13C; U-90% 15N]1
10 mMpotassium phosphate-21
0.1 mMsodium azide-31
mMentity-4[U-90% 15N]0.7-1.42
10 mMpotassium phosphate-52
0.1 mMsodium azide-62
mMentity-70.7-1.43
10 mMpotassium phosphate-83
0.1 mMsodium azide-93
mMentity-100.7-1.44
10 mMpotassium phosphate-114
0.1 mMsodium azide-124
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 297 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.2Bruker Biospincollection
CNSSOLVE1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSSOLVE1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
PIPPGarrettpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
SparkyGoddardデータ解析
ARIA2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurquality checking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdiheral determination
PyMOL1.5.0.1Schrodinger, LLCmolecular graphics
DeepView/Swiss-PDBViewerGuex, Peitsch, Schwede, and Diemandmolecular graphics
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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