PDB-1wif: The solution structure of RSGI RUH-020, a PDZ domain of hypotheti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wif

タイトル

The solution structure of RSGI RUH-020, a PDZ domain of hypothetical protein from mouse

要素

RIKEN cDNA 4930408O21

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PDZ domain / mouse cDNA / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

PDZ domain-containing protein 9 / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

データ登録者

Ohashi, W. / Yamazaki, T. / Hirota, H. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The solution structure of RSGI RUH-020, a PDZ domain of hypothetical protein from mouse
著者: Ohashi, W. / Yamazaki, T. / Hirota, H. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2004年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wif.cif.gz	739.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wif.ent.gz	618.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wif_validation.pdf.gz	345.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wif_full_validation.pdf.gz	532.6 KB	表示
XML形式データ	1wif_validation.xml.gz	61.8 KB	表示
CIF形式データ	1wif_validation.cif.gz	76.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/1wif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/1wif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4tse-1 2a26-d 5yjd-1 5yjd-2 5e5l-3 3gf0-d 1cl3-d 2h3z-d 6nbt-2 3b6y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmt007011942.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RIKEN cDNA 4930408O21

13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	The submitted conformer models are those with the lowest number of target function
代表モデル	モデル #1	lowest target function

#1: タンパク質	RIKEN cDNA 4930408O21 / RSGI RUH-020 分子量: 13242.059 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis / 参照: UniProt: Q9CR71, UniProt: Q9D9M4*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

-
試料調製

詳細	内容: 1mM RSGI RUH-020 U-13C, 15N; 20mM NaOAc U-2H, 100mM NaCl, 1mM DTT U-2H, 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100mM NaCl / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.1	Bruker	collection
NMRPipe	2.1	Delaglio	解析
NMRView	5.0.4	Johnson	データ解析
KUJIRA	0.91	Kobayashi	データ解析
CYANA	2.0.17	GUentert	構造決定
CYANA	2.0.17	GUentert	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are those with the lowest number of target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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