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万見
- PDB-2lri: NMR structure of the second PHD finger of AIRE (AIRE-PHD2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lri
タイトルNMR structure of the second PHD finger of AIRE (AIRE-PHD2)
要素Autoimmune regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Zn binding protein domain / APECED
機能・相同性
機能・相同性情報


peripheral T cell tolerance induction / central tolerance induction to self antigen / regulation of thymocyte migration / thymus epithelium morphogenesis / negative thymic T cell selection / female germ cell nucleus / humoral immune response / male germ cell nucleus / translation regulator activity / positive regulation of chemokine production ...peripheral T cell tolerance induction / central tolerance induction to self antigen / regulation of thymocyte migration / thymus epithelium morphogenesis / negative thymic T cell selection / female germ cell nucleus / humoral immune response / male germ cell nucleus / translation regulator activity / positive regulation of chemokine production / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone binding / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / immune response / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Autoimmune regulator, AIRE / AIRE, PHD finger 2 / HSR domain / Nuclear body protein Sp110/Sp140/Sp140L / HSR domain / HSR domain profile. / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain ...Autoimmune regulator, AIRE / AIRE, PHD finger 2 / HSR domain / Nuclear body protein Sp110/Sp140/Sp140L / HSR domain / HSR domain profile. / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / SAND-like domain superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autoimmune regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Gaetani, M. / Chignola, F. / Mollica, L. / Quilici, G. / Mannella, V. / Spiliotopoulos, D. / Musco, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: AIRE-PHD fingers are structural hubs to maintain the integrity of chromatin-associated interactome.
著者: Gaetani, M. / Matafora, V. / Saare, M. / Spiliotopoulos, D. / Mollica, L. / Quilici, G. / Chignola, F. / Mannella, V. / Zucchelli, C. / Peterson, P. / Bachi, A. / Musco, G.
履歴
登録2012年4月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Autoimmune regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9423
ポリマ－6,8111
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Autoimmune regulator / Autoimmune polyendocrinopathy candidiasis ectodermal dystrophy protein / APECED protein


分子量: 6810.685 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD-type 2 Zinc finger residues 423-485 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIRE, APECED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43918
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1342D 1H-1H TOCSY
1452D 1H-1H TOCSY
1542D 1H-1H NOESY
1652D 1H-1H NOESY
1713D CBCA(CO)NH
1813D C(CO)NH
1913D HNCO
11013D HNCA
11113D H(CCO)NH
11223D (H)CCH-TOCSY
11333D HNHA
11433D 1H-15N NOESY
11523D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] AIRE-PHD2, 50 uM ZINC ION, 5 mM DTT, 50 mM sodium phosphate, 0.15 M sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] AIRE-PHD2, 5 mM DTT, 50 uM ZINC ION, 50 mM sodium phosphate, 0.15 M sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
30.4-0.8 mM [U-100% 15N] AIRE-PHD2, 5 mM DTT, 50 uM ZINC ION, 50 mM sodium phosphate, 0.15 M sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.4-0.8 mM AIRE-PHD2, 5 mM DTT, 50 uM ZINC ION, 50 mM sodium phosphate, 0.15 M sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
50.4-0.8 mM AIRE-PHD2, 5 mM DTT, 50 uM ZINC ION, 50 mM sodium phosphate, 0.15 M sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMAIRE-PHD2-1[U-100% 13C; U-100% 15N]0.4-0.81
50 uMZINC ION-21
5 mMDTT-31
50 mMsodium phosphate-41
0.15 Msodium chloride-51
0.02 %sodium azide-61
mMAIRE-PHD2-7[U-100% 13C; U-100% 15N]0.4-0.82
5 mMDTT-82
50 uMZINC ION-92
50 mMsodium phosphate-102
0.15 Msodium chloride-112
0.02 %sodium azide-122
mMAIRE-PHD2-13[U-100% 15N]0.4-0.83
5 mMDTT-143
50 uMZINC ION-153
50 mMsodium phosphate-163
0.15 Msodium chloride-173
0.02 %sodium azide-183
mMAIRE-PHD2-190.4-0.84
5 mMDTT-204
50 uMZINC ION-214
50 mMsodium phosphate-224
0.15 Msodium chloride-234
0.02 %sodium azide-244
mMAIRE-PHD2-250.4-0.85
5 mMDTT-265
50 uMZINC ION-275
50 mMsodium phosphate-285
0.15 Msodium chloride-295
0.02 %sodium azide-305
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CCPNMR2.1CCPNchemical shift assignment
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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