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万見
- PDB-1fox: NMR STRUCTURE OF L11-C76, THE C-TERMINAL DOMAIN OF 50S RIBOSOMAL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fox
タイトルNMR STRUCTURE OF L11-C76, THE C-TERMINAL DOMAIN OF 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11, 33 STRUCTURES
要素L11-C76
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / RNA-BINDING DOMAIN / L11-C76 / ALPHA-HELICAL PROTEIN / HOMEODOMAIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily ...Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL11
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法溶液NMR / DGSA
データ登録者Markus, M.A. / Hinck, A.P. / Huang, S. / Draper, D.E. / Torchia, D.A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: High resolution solution structure of ribosomal protein L11-C76, a helical protein with a flexible loop that becomes structured upon binding to RNA.
著者: Markus, M.A. / Hinck, A.P. / Huang, S. / Draper, D.E. / Torchia, D.A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: The RNA Binding Domain of Ribosomal Protein L11 is Structurally Similar to Homeodomains
著者: Xing, Y. / Guha Thakurta, D. / Draper, D.E.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Cooperative Interactions of RNA and Thiostrepton Antibiotic with Two Domains of Ribosomal Protein L11
著者: Xing, Y. / Draper, D.E.
履歴
登録1996年9月13日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L11-C76


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1531
ポリマ－8,1531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)33 / 50NO NOE VIOLATIONS OVER 0.3 A, NO ANGLE VIOLATIONS OVER 5 DEG
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 L11-C76


分子量: 8152.554 Da / 分子数: 1
断片: CARBOXYL-TERMINAL DOMAIN OF PROTEIN L11, RESIDUES THR 59 TO ASP 133
変異: INS(MET1) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BINDS SPECIFICALLY TO RNA
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
細胞株: BL21 / プラスミド: DERIVED FROM PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P56210

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N HSQC
12113C HSQC
131HN(CA)CB
141CBCA(CO)NH
151HCACO
161C(CO)NH
171H(CCO)NH
181(H)CCH-TOCSY
191HMBC
1101HNHA
1111HNHB
1121HCACB-COSY
1131(13CO)SED CT HSQC
1141(15N) SED CT HSQC
1151(13C-13C) LRC
1161(13C-1H) LRC
NMR実験の詳細Text: BUFFER: 10 MM K2HPO4, 25 MM KCL, 2MM MGCL2

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試料調製

試料状態pH: 6.1 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DMXBrukerDMX5002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DGSA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATIONS OVER 0.3 A, NO ANGLE VIOLATIONS OVER 5 DEG
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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