PDB-2lrc: Structure of thioredoxin 2 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in it...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lrc

タイトル

Structure of thioredoxin 2 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in its reduced form

要素

Probable thioredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / thioredoxin fold

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

closest to the average, model 14

データ登録者

Garcin, E.B. / Kreuzer, C. / Bornet, O. / Guerlesquin, F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: An unusual thioredoxin from Pseudomonas aeruginosa
著者: Garcin, E.B. / Bornet, O. / Nouailler, M. / Guerlesquin, F. / Sebban-Kreuzer, C.

履歴

登録	2012年3月28日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lrc.cif.gz	596 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lrc.ent.gz	497.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lrc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lrc_validation.pdf.gz	487.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lrc_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2lrc_validation.xml.gz	200.5 KB	表示
CIF形式データ	2lrc_validation.cif.gz	132 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/2lrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/2lrc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4tn8-d 1ti3-d 5jy5-2 2xbi-d 1trs-d 6z7o-d 3tco-2 3m9j-1 4x43-1 2ynx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18130

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable thioredoxin

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Probable thioredoxin 分子量: 12777.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA2694 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0E8

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D HBHA(CO)NH
1	7	1	3D HN(CA)CB
1	8	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	9	1	2D CBCACO
1	10	1	3D HN(CA)CO
1	11	1	3D HBHANH
1	12	1	2D (HB)CB(CGCD)HD
1	13	1	2D (HB)CB(CGCDCE)HE
1	14	1	3D HSQC-NOESY 13C
1	15	1	3D HSQC-NOESY 15N

-
試料調製

詳細	内容: 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.8 mM / 構成要素: potassium phosphate-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態	イオン強度: 0.15 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	Keller and Wuthrich	peak picking
Amber	Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman	精密化
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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