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- PDB-2lr3: Solution structure of the anti-fungal defensin DEF4 (MTR_8g070770... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lr3
タイトルSolution structure of the anti-fungal defensin DEF4 (MTR_8g070770) from Medicago truncatula (barrel clover)
要素Defensin
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / fungal disease / antifungal agent
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / defense response / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
Defensin, plant / Gamma-thionins family signature. / Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Buchko, G.W. / Smith, T.J. / Shah, D.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Studies of a Phosphatidic Acid-Binding Antifungal Plant Defensin MtDef4: Identification of an RGFRRR Motif Governing Fungal Cell Entry.
著者: Sagaram, U.S. / El-Mounadi, K. / Buchko, G.W. / Berg, H.R. / Kaur, J. / Pandurangi, R.S. / Smith, T.J. / Shah, D.M.
履歴
登録2012年3月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defensin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3551
ポリマ－5,3551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Defensin


分子量: 5355.098 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-76 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
株: A17 / 遺伝子: MTR_049s0004, MTR_8g070770 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G7L736
Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE GENOMIC SEQUENCE IS CORRECT, HIS62. DURING PCR GENERATION OF THE ...THE AUTHORS STATE THAT THE GENOMIC SEQUENCE IS CORRECT, HIS62. DURING PCR GENERATION OF THE EXPRESSION CLONE, AN ARG WAS OBTAINED IN THIS POSITION INSTEAD.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The first 29 natural residues in the native sequence were removed.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1322D 1H-1H TOCSY
1432D 1H-1H TOCSY
1522D 1H-1H NOESY
1632D 1H-1H NOESY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-15N TOCSY
191deuterium exchange

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 15N] protein, 0.01 mM TRIS, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21 mM protein, 0.01 mM TRIS, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
31 mM [U-99% 15N] protein, 0.01 mM TRIS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity-1[U-99% 15N]1
0.01 mMTRIS-21
1 mMentity-32
0.01 mMTRIS-42
1 mMentity-5[U-99% 15N]3
0.01 mMTRIS-63
試料状態イオン強度: 0.01 / pH: 4.4 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian VNMRSVarianVNMRS7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.115Goddardデータ解析
Sparky3.115Goddardpeak picking
Felix2007Accelrys Software Inc.解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PSVS1.3Bhattacharya and Montelioneデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION WERE TAKEN AND REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS) AFTER ADDING 0% TO THE UPPER BOUNDARY LIMIT OF THE DISTANCE RESTRAINTS AND THE VDW LIMIT TO THE LOWER RESTRAINT. PARAM19 WAS USED FOR THE WATER REFINEMENT CALCULATIONS. Oxidation of all the cys residues was confirmed by the C-beta chemical shifts for the CYS residues determined from a natural abundance 1H-13C-HSQC spectrum. Restraints for the disfulfide bonds were introduced on the basis of position in similar sequences.
NMR constraintsNOE constraints total: 389 / NOE intraresidue total count: 120 / NOE long range total count: 87 / NOE medium range total count: 57 / NOE sequential total count: 125 / Hydrogen bond constraints total count: 34 / Protein phi angle constraints total count: 22 / Protein psi angle constraints total count: 22
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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