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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lr2 | ||||||
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タイトル | Designed IgG and lanthanide binding probe for solution NMR, MRI and luminescence microscopy | ||||||
![]() | Immunoglobulin G-binding protein A | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / z domain / lanthanide binding tag | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha![]() | ||||||
生物種 | artificial gene (人工物) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
![]() | Barb, A.W. / Ho, T.G. / Prestegard, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Lanthanide binding and IgG affinity construct: Potential applications in solution NMR, MRI, and luminescence microscopy. 著者: Barb, A.W. / Ho, T.G. / Flanagan-Steet, H. / Prestegard, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 479.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 511.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 9875.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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構成要素の詳細 | THE AUTHORS STATE THAT THE THREE HELICES ARE FROM THE Z DOMAIN WHICH IS A DERIVATIVE OF THE B ...THE AUTHORS STATE THAT THE THREE HELICES ARE FROM THE Z DOMAIN WHICH IS A DERIVATIVE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: This entry details the top 2 models from an xplor simulation to satisfy the orientation of a lanthanide-binding domain with the underlying Protein A-derived Z domain using paramagnetic NMR ...詳細: This entry details the top 2 models from an xplor simulation to satisfy the orientation of a lanthanide-binding domain with the underlying Protein A-derived Z domain using paramagnetic NMR constraints. There is no explicit information regarding the placement of the domain-connecting loops, but these were included in the calculation and are presented to demonstrate the potential covalent restriction of the lanthanide-binding tag portion of the chimeric protein. | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 100-800 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] Z-L2LBT, 90 % H2O, 10 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 8.0 / 圧: ambient / 温度: 273 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: dihedral, PRE and PCS constraints used. | |||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 2 |