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万見
- PDB-2lql: Solution structure of CHCH5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lql
タイトルSolution structure of CHCH5
要素Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 5
キーワードPROTEIN BINDING / CHCH domain / mitochondrial import / Mia40-dependent disulfide relay system / alpha-hairpin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular respiration / Mitochondrial protein import / mitochondrial intermembrane space / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / IMS import disulfide relay-system, CHCH-CHCH-like Cx9C / CHCH-CHCH-like Cx9C, IMS import disulfide relay-system, / Helix Hairpins - #2900 / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model 4
データ登録者Peruzzini, R. / Ciofi-Baffoni, S. / Banci, L. / Bertini, I.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of CHCHD5 and CHCHD7: Two atypical human twin CX(9)C proteins.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Ciofi-Baffoni, S. / Jaiswal, D. / Neri, S. / Peruzzini, R. / Winkelmann, J.
履歴
登録2012年3月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年11月20日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6911
ポリマ－12,6911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 5


分子量: 12691.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C2orf9, CHCHD5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Origami(DE3) / 参照: UniProt: Q9BSY4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Solution structure of CHCH5 by NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H NOESY
1423D CBCA(CO)NH
1523D HN(CA)CB
1623D HNCO
1723D HNCA
1823D HBHA(CO)NH
1923D HN(CO)CA
11023D HN(CA)CO
11123D (H)CCH-TOCSY
11223D 1H-15N NOESY
11323D 1H-13C NOESY aliphatic
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using a combination of NOE and dihedral angle data.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1 mM [U-100% 15N] protein, 50 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMentity-1[U-100% 15N]0.5-11
50 mMpotassium phosphate-21
mMentity-3[U-100% 13C; U-100% 15N]0.5-12
50 mMpotassium phosphate-42
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
PECANEghbalnia, Wang, Bahrami, Assadi, and Markleyデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichchemical shift assignment
ATNOSHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
WHAT IFVriendデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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