PDB-2lq4: Structural Characterization of an LPA1 Second Extracellular Loop ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lq4

タイトル

Structural Characterization of an LPA1 Second Extracellular Loop Mimetic with a Self-Assembling Coiled-Coil Folding Constraint

要素

Lysophosphatidic acid receptor 1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / GPCR / G protein-coupled receptor

機能・相同性

Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1390 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special

機能・相同性情報

生物種

artificial gene (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Young, J.K.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2013
タイトル: Structural Characterization of an LPA1 Second Extracellular Loop Mimetic with a Self-Assembling Coiled-Coil Folding Constraint.
著者: Young, J.K. / Clayton, B.T. / Kikonyogo, A. / Pham, T.C. / Parrill, A.L.

履歴

登録	2012年2月23日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月3日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月8日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lq4.cif.gz	919.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lq4.ent.gz	777.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/2lq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/2lq4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3trb-d 2bt2-1 1nt3-d 1aaz-d 1ufz-d 2pii-d 3hmh-d 2z0s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17993

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

p: Lysophosphatidic acid receptor 1

9.34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	36 / 100	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Lysophosphatidic acid receptor 1 分子量: 9340.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HNCA
1	3	1	3D HNCO
1	4	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	3D HN(CO)CA
1	6	1	3D H(CCO)NH
1	7	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	8	1	3D 1H-15N NOESY
1	9	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 21P4, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: 21P4-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 50 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	geometry optimization
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 36

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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