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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lol | ||||||
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タイトル | NMR structure of an acyl-carrier protein from Rickettsia prowazekii, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
要素 | Acyl carrier protein | ||||||
キーワード | LIPID TRANSPORT / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rickettsia prowazekii str. Madrid E (発疹チフスリケッチア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model details | fewest violations, model 1 | ||||||
データ登録者 | Barnwal, R. / Gonen, S. / Varani, G. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: NMR structure of an acyl-carrier protein from Rickettsia prowazekii, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) 著者: Barnwal, R. / Gonen, S. / Varani, G. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lol.cif.gz | 296.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lol.ent.gz | 250.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lol.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2lol_validation.pdf.gz | 400 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2lol_full_validation.pdf.gz | 461.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2lol_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2lol_validation.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/2lol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/2lol | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9250.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 6-86 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rickettsia prowazekii str. Madrid E (発疹チフスリケッチア) 株: Madrid E / 遺伝子: RP763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZCH9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.7 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] acyl carrier protein, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1.7 mM / 構成要素: acyl carrier protein-1 / Isotopic labeling: [U-98% 13C; U-98% 15N] |
試料状態 | pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | Protein phi angle constraints total count: 70 / Protein psi angle constraints total count: 71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |