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- PDB-2lo7: Ts16 NMR solution structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lo7
タイトルTs16 NMR solution structure
要素Toxin Ts16
キーワードTOXIN / CS ALPHA ALPHA MOTIF / ALPHA SCORPION TOXIN / VOLTAGE GATED POTASSIUM CHANNEL
機能・相同性potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin Ts16
機能・相同性情報
生物種Tityus serrulatus (サソリ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsCS alfa alfa motif, model 1
データ登録者del Rio-Portilla, F. / Saucedo, A.L. / Flores-Solis, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: New Tricks of an Old Pattern: STRUCTURAL VERSATILITY OF SCORPION TOXINS WITH COMMON CYSTEINE SPACING.
著者: Saucedo, A.L. / Flores-Solis, D. / Rodriguez de la Vega, R.C. / Ramirez-Cordero, B. / Hernandez-Lopez, R. / Cano-Sanchez, P. / Navarro, R.N. / Garcia-Valdes, J. / Coronas-Valderrama, F. / de ...著者: Saucedo, A.L. / Flores-Solis, D. / Rodriguez de la Vega, R.C. / Ramirez-Cordero, B. / Hernandez-Lopez, R. / Cano-Sanchez, P. / Navarro, R.N. / Garcia-Valdes, J. / Coronas-Valderrama, F. / de Roodt, A. / Brieba, L.G. / Possani, L.D. / Del Rio-Portilla, F.
履歴
登録2012年1月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年3月14日ID: 2LKA
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Other
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin Ts16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4601
ポリマ－3,4601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20020 structures for lowest energy and no violations
代表モデルモデル #1no violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Toxin Ts16 / Tityustoxin-16


分子量: 3460.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tityus serrulatus (サソリ) / 株: Ts16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P86271
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQFCOSY
121TOCSY
131NOESY
141NOESY

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試料調製

詳細内容: 3.2 mM Ts16, 95% H2O, 5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 3.2 mM / 構成要素: Ts16-1
試料状態pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian InovaVarianINOVA5001
Varian VNMRSVarianVNMRS7002

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解析

NMR software名称: Amber
開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm
分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Amber force field
代表構造選択基準: no violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy and no violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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