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- PDB-1rju: Crystal structure of a truncated form of yeast copper thionein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rju
タイトルCrystal structure of a truncated form of yeast copper thionein
要素Metallothionein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Yeast Cu(I) metallothionein / Cu(I) metallothionein fragments / Cu(I)-thiolate
機能・相同性
機能・相同性情報


detoxification of cadmium ion / detoxification of copper ion / response to copper ion / superoxide dismutase activity / antioxidant activity / cadmium ion binding / removal of superoxide radicals / mitochondrial intermembrane space / copper ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Metallothionein domain, yeast / Copper metallothionein superfamily / Yeast metallothionein / Metallothionein domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Copper metallothionein 1-1 / Copper metallothionein 1-1
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Calderone, V. / Dolderer, B. / Hartmann, H.J. / Echner, H. / Luchinat, C. / Del Bianco, C. / Mangani, S. / Weser, U.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: The Crystal Structure of Yeast Copper Thionein: the solution of a long lasting Enigma.
著者: Calderone, V. / Dolderer, B. / Hartmann, H.J. / Echner, H. / Luchinat, C. / Del Bianco, C. / Mangani, S. / Weser, U.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: High resolution solution structure of the protein part of Cu7 metallothionein
著者: Bertini, I. / Hartmann, H.J. / Klein, T. / Liu, G. / Luchinat, C. / Weser, U.
#2: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Cu(I)(7) cluster in yeast copper thionein survives major shortening of the polypeptide backbone as deduced from electronic absorption, circular dichroism, luminescence and (1)H NMR
著者: Luchinat, C. / Dolderer, B. / Del Bianco, C. / Echner, H. / Hartmann, H.J. / Voelter, W. / Weser, U.
履歴
登録2003年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
V: Metallothionein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3569
ポリマ－3,8471
非ポリマー5088
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.167, 62.167, 62.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11V-77-

HOH

21V-78-

HOH

31V-79-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Metallothionein / Cu-MT / Copper chelatin


分子量: 3847.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The protein was Chemically synthesized. The sequence of the protein IS NATURALLY FOUND IN Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast).
参照: UniProt: P07215, UniProt: P0CX80*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 250 mM KH2PO4, 1mM LiBr, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9192 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月5日
放射モノクロメーター: Double crystal focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9192 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→27.84 Å / Num. all: 7922 / Num. obs: 7922 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.8 % / Biso Wilson estimate: 9.155 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.44→1.52 Å / 冗長度: 22.4 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1117 / Rsym value: 0.358 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.44→27.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 0.568 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME EXTRA ELECTRON DENSITY CORRESPONDING TO 7 ATOMS HAS BEEN LEFT UNINTERPRETED SINCE NEITHER WATER MOLECULES NOR OTHER MOLECULES PRESENT ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME EXTRA ELECTRON DENSITY CORRESPONDING TO 7 ATOMS HAS BEEN LEFT UNINTERPRETED SINCE NEITHER WATER MOLECULES NOR OTHER MOLECULES PRESENT IN THE CRYSTALLISATION SOLUTION COULD ACCOUNT FOR IT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17072 634 8.1 %RANDOM
Rwork0.14482 ---
all0.14687 7239 --
obs0.14687 7239 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.889 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.052 Å0.056 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→27.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数257 0 8 37 302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02259
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0650.02180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0731.938345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2373448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.006535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0480.02305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.1080.0235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.270.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2440.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1380.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3230.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3370.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4931.5179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5192284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.003380
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.0324.561
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.6842259
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.879247
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.6232257
LS精密化 シェル解像度: 1.44→1.478 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.176 40
Rwork0.139 526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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