PDB-2lms: A single GalNAc residue on Threonine-106 modifies the dynamics an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lms

タイトル

A single GalNAc residue on Threonine-106 modifies the dynamics and the structure of Interferon alpha-2a around the glycosylation site

要素

Interferon alpha-2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CYTOKINE / GLYCOPROTEIN / O-GLYCOSYLATION / SIGNALING PROTEIN / TYPE I INTERFERONS

機能・相同性

機能・相同性情報

type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / host-mediated suppression of symbiont invasion / cell surface receptor signaling pathway via STAT ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

fewest violations, model 1

データ登録者

Ghasriani, H. / Belcourt, P.J.F. / Sauve, S. / Hodgson, D.J. / Gingras, G. / Brochu, D. / Gilbert, M. / Aubin, Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: A single N-acetylgalactosamine residue at threonine 106 modifies the dynamics and structure of interferon alpha2a around the glycosylation site.
著者: Ghasriani, H. / Belcourt, P.J. / Sauve, S. / Hodgson, D.J. / Brochu, D. / Gilbert, M. / Aubin, Y.

履歴

登録	2011年12月12日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月1日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_database_status Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lms.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lms.ent.gz	888.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/2lms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/2lms	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6urv-4 2kte-d 4pwu-1 5xzt-5 4iae-1 1p3u-d 1f7c-d 5xzq-3 6mrp-3 3tfd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18135

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (8) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Interferon alpha-2

ヘテロ分子

19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質

Interferon alpha-2 / IFN-alpha-2 / Interferon alpha-A / LeIF A

分子量: 19395.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNA2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P01563

#2: 糖

ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

Has protein modification

Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D HNCO
1	2	1	3D HNCA
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D HBHA(CO)NH
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	2	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	9	2	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	10	1	3D C(CO)NH
1	11	2	2D (hb)CB(cgcd)HD
1	12	2	2D (hb)CB(cgcdce)HE
1	13	1	4D (C13)HSQC-NOESY-(N15)HSQC
1	14	2	4D (C13)HSQC-NOESY-(C13)HSQC

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.85 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Interferon Alpha-2a (O-glycosylated), 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	0.87 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Interferon Alpha-2a (O-glycosylated), 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.85 mM	Interferon Alpha-2a (O-glycosylated)-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
0.53 mM	Interferon Alpha-2a (O-glycosylated)-2	[U-100% 13C; U-100% 15N]	2
0.87 mM	Interferon Alpha-2a (O-glycosylated)-3	[U-100% 13C; U-100% 15N]	3

試料状態

イオン強度: 25 / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 298.15 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	1
Bruker Avance III	Bruker	AVANCE III	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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