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- PDB-2lmf: Solution structure of human LL-23 bound to membrane-mimetic micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lmf
タイトルSolution structure of human LL-23 bound to membrane-mimetic micelles
要素Antibacterial protein LL-37
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial and innate immune modulating peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / killing by host of symbiont cells / neutrophil activation / specific granule / cellular response to peptidoglycan / cellular response to interleukin-6 / Antimicrobial peptides / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection ...cytolysis / killing by host of symbiont cells / neutrophil activation / specific granule / cellular response to peptidoglycan / cellular response to interleukin-6 / Antimicrobial peptides / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection / lipopolysaccharide binding / specific granule lumen / positive regulation of angiogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / tertiary granule lumen / antibacterial humoral response / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / amyloid fibril formation / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathelicidin, antimicrobial peptide, C-terminal / LPS binding domain of CAP18 (C terminal) / Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / Cathelicidin / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cathelicidin antimicrobial peptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 20
データ登録者Wang, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structure, Dynamics, and Antimicrobial and Immune Modulatory Activities of Human LL-23 and Its Single-Residue Variants Mutated on the Basis of Homologous Primate Cathelicidins.
著者: Wang, G. / Elliott, M. / Cogen, A.L. / Ezell, E.L. / Gallo, R.L. / Hancock, R.E.
履歴
登録2011年11月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibacterial protein LL-37


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8311
ポリマ－2,8311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Antibacterial protein LL-37 / Cathelicidin antimicrobial peptide


分子量: 2831.405 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 134-156 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49913

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-1H NOESY
1412D 1H-1H TOCSY
1512D DQF-COSY
1612D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細内容: 2 mM LL, 100% D2O / 溶媒系: 100% D2O
試料濃度: 2 mM / 構成要素: LL-23-1
試料状態イオン強度: unbuffered / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker DMXBrukerDMX4002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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