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万見
- PDB-2glh: Solution Conformation of Salmon Calcitonin in Sodium Dodecyl Sulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2glh
タイトルSolution Conformation of Salmon Calcitonin in Sodium Dodecyl Sulfate Micelles
要素Calcitonin-1
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / a-helix / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


calcitonin receptor binding / sperm capacitation / activation of adenylate cyclase activity / hormone activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Calcitonin / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. / calcitonin / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / restrained simulated annealing, energy minimization, unrestrained molecular dynamics
データ登録者Andreotti, G. / Lopez-Mendez, B. / Amodeo, P. / Morelli, M.A. / Nakamuta, H. / Motta, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural determinants of salmon calcitonin bioactivity: the role of the Leu-based amphipathic alpha-helix.
著者: Andreotti, G. / Mendez, B.L. / Amodeo, P. / Morelli, M.A. / Nakamuta, H. / Motta, A.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1999
タイトル: Conformational flexibility in calcitonin: The dynamic properties of human and salmon calcitonin in solution
著者: Amodeo, P. / Motta, A. / Strazzullo, G. / Castiglione-Morelli, M.A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Solution Conformation of Salmon Calcitonin in Sodium Dodecyl Sulfate Micelles As Determined by Two-Dimensional NMR and Distance Geometry Calculations
著者: Motta, A. / Pastore, A. / Goud, N.A. / Castiglione-Morelli, M.A.
履歴
登録2006年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcitonin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4371
ポリマ－3,4371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)100 / 100periodically sampled unrestrained molecular dynamics structures
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Calcitonin-1


分子量: 3436.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis / 参照: UniProt: P01263
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
2412D NOESY
2512D TOCSY
261DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 5 mM sCT; 20 mM phosphate buffer; 600 mM SDS; 95% H2O, 5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
14.1AMBIENT 310 K
27.2AMBIENT 310 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン分類
XwinNMR解析
AURELIAデータ解析
Amber6構造決定
Amber6精密化
精密化手法: restrained simulated annealing, energy minimization, unrestrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: periodically sampled unrestrained molecular dynamics structures
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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