PDB-2lly: NMR structures of the transmembrane domains of the nAChR a4 subunit

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lly

タイトル

NMR structures of the transmembrane domains of the nAChR a4 subunit

要素

Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-4

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Acetylcholine receptor / Transmembrane domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / neuromuscular synaptic transmission / behavioral response to nicotine / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / cation channel complex / inhibitory postsynaptic potential ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

closest to the average, model 11

データ登録者

Bondarenko, V. / Mowrey, D. / Tillman, T. / Cui, T. / Liu, L.T. / Xu, Y. / Tang, P.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: NMR structures of the transmembrane domains of the a4b2 nAChR.
著者: Bondarenko, V. / Mowrey, D. / Tillman, T. / Cui, T. / Liu, L.T. / Xu, Y. / Tang, P.

履歴

登録	2011年11月18日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lly.cif.gz	951 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lly.ent.gz	819.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lly.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lly_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lly_full_validation.pdf.gz	772.8 KB	表示
XML形式データ	2lly_validation.xml.gz	91.1 KB	表示
CIF形式データ	2lly_validation.cif.gz	84.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/2lly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/2lly	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2lm2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2lqu-d 2j98-d 3wtn-12 3wtn-3 3gna-d 7czg-2 7czg-1 5xyl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18093

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (11) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-4

15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-4 分子量: 15020.915 Da / 分子数: 1 断片: Helical transmembrane region, residues 242-339 and residues 598-625 変異: R240E, R241E, L301S, I303S, L305S, R336E, M626E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNA4, NACRA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43681

#1: タンパク質

Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-4

分子量: 15020.915 Da / 分子数: 1
断片: Helical transmembrane region, residues 242-339 and residues 598-625
変異: R240E, R241E, L301S, I303S, L305S, R336E, M626E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNA4, NACRA4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43681

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 1H-15N NOESY
1	2	1	3D 1H-13C NOESY
1	3	1	3D HNCA
1	4	1	3D HN(CO)CA
1	5	1	3D CBCA(CO)NH
1	6	1	3D HNCO
1	7	1	2D 1H-15N HSQC
1	8	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

内容: 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 5 mM sodium acetate, 1.5 % LDAO, 10 mM sodium chloride, 5 % [U-100% 2H] D2O, 0.1 mM DSS, 10 mM sodium chloride, 20 mM beta-mercaptoethanol, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.25 mM	entity-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
5 mM	sodium acetate-2		1
1.5 %	LDAO-3		1
10 mM	sodium chloride-4		1
5 %	D2O-5	[U-100% 2H]	1
0.1 mM	DSS-6		1
10 mM	sodium chloride-7		1
20 mM	beta-mercaptoethanol-8		1

試料状態

pH: 4.65 / 圧: ambient / 温度: 318 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	3
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	900	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 1070 / NOE intraresidue total count: 362 / NOE long range total count: 28 / NOE medium range total count: 259 / NOE sequential total count: 421 / Hydrogen bond constraints total count: 296 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 90 / Protein psi angle constraints total count: 90

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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