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万見
- PDB-2lla: NMR solution structure ensemble of domain 11 of the echidna M6P/I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lla
タイトルNMR solution structure ensemble of domain 11 of the echidna M6P/IGF2R receptor
要素Mannose-6-phosphate/insulin-like growth factor II receptor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / monotreme / mannose-6-phosphate / IGF-II / domain 11
機能・相同性
機能・相同性情報


lysosomal transport / D-mannose binding / trans-Golgi network / signaling receptor activity / endosome membrane / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily ...Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Tachyglossus aculeatus (ハリモグラ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Strickland, M. / Crump, M.P. / Williams, C. / Rezgui, D. / Ellis, R.Z. / Hoppe, H. / Frago, S. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Forbes, B.E. ...Strickland, M. / Crump, M.P. / Williams, C. / Rezgui, D. / Ellis, R.Z. / Hoppe, H. / Frago, S. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Forbes, B.E. / Jones, E. / Hassan, A.Z. / Wattana-Amorn, P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: An exon splice enhancer primes IGF2:IGF2R binding site structure and function evolution.
著者: Williams, C. / Hoppe, H.J. / Rezgui, D. / Strickland, M. / Forbes, B.E. / Grutzner, F. / Frago, S. / Ellis, R.Z. / Wattana-Amorn, P. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Nolan, C.M. / Mungall, A. ...著者: Williams, C. / Hoppe, H.J. / Rezgui, D. / Strickland, M. / Forbes, B.E. / Grutzner, F. / Frago, S. / Ellis, R.Z. / Wattana-Amorn, P. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Nolan, C.M. / Mungall, A.J. / Jones, E.Y. / Crump, M.P. / Hassan, A.B.
履歴
登録2011年11月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannose-6-phosphate/insulin-like growth factor II receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2981
ポリマ－15,2981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100STRUCTURES WITH THE LOWEST ENER
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mannose-6-phosphate/insulin-like growth factor II receptor


分子量: 15298.317 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain 11 residues 1490-1628 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tachyglossus aculeatus (ハリモグラ)
遺伝子: igf2r, m6p/igf2r / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q95LC7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Echidna (Tachyglossus aculeatus) domain 11 of the mannose-6-phosphate/insulin-like growth factor 2 receptor (M6P/IGF2R).
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D H(CCO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11013D HNCA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using a combination of NOE restraints, dihedral restraints predicted from TALOS and hydrogen bond restraints initially predicted from the homologous human domain 11 ...Text: The structure was determined using a combination of NOE restraints, dihedral restraints predicted from TALOS and hydrogen bond restraints initially predicted from the homologous human domain 11 IGF2R structure (2CNJ)

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試料調製

詳細内容: 100 uM sodium azide, 10 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 7 % D2O, 93 % H2O, 0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] M6P/IGF2_receptor, 93% H2O/7% D2O
溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 uMsodium azide-11
10 mMsodium phosphate-21
1 mMEDTA-31
7 %D2O-41
93 %H2O-51
0.5 mMM6P/IGF2_receptor-6[U-95% 13C; U-95% 15N]1
試料状態イオン強度: 0.01 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian VNMRS600VarianVNMRS6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur精密化
VnmrJ2.2cVariancollection
Analysis2.1CCPNchemical shift assignment
Analysis2.1CCPN精密化
Analysis2.1CCPNpeak picking
CS23D1Wishart DS, Arndt D, Berjanskii M, Tang P, Zhou J, Lin G.データ解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RECOORD water refinement
NMR constraintsNOE constraints total: 2766 / NOE intraresidue total count: 1187 / NOE long range total count: 584 / Hydrogen bond constraints total count: 100 / Protein phi angle constraints total count: 75 / Protein psi angle constraints total count: 75
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LOWEST ENER
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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