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- PDB-2lky: Solution structure of MSMEG_1053, the second DUF3349 annotated pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lky
タイトルSolution structure of MSMEG_1053, the second DUF3349 annotated protein in the genome of Mycobacterium smegmatis, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease target MysmA.17112.b
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / infectious disease / tuberculosis / DUF proteins / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性DUF3349, helical bundle / Protein of unknown function DUF3349 / Protein of unknown function (DUF3349) / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Buchko, G.W. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural diversity in the Mycobacteria DUF3349 superfamily.
著者: Buchko, G.W. / Abendroth, J. / Robinson, J.I. / Phan, I.Q. / Myler, P.J. / Edwards, T.E.
履歴
登録2011年10月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4341
ポリマ－12,4341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 12433.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / 遺伝子: MSMEG_1063 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0QRC1
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS OBTAINED VIA PCR CLONING, AND M5 AND V6 ARE PART OF THE ...THE AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS OBTAINED VIA PCR CLONING, AND M5 AND V6 ARE PART OF THE PROTEIN SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-13C NOESY aliphatic
1413D 1H-13C NOESY aromatic
1513D 1H-15N NOESY
1613D HN(CA)CB
1713D HN(COCA)CB
1813D HNCO
1913D C(CO)NH
11012D HBCBCGCDCDHD
11112D (HB)CB(CGCDCE)HE
2122DEUTERIUM EXCHANGE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 20 mM TRIS, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 20 mM TRIS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMentity-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
100 mMsodium chloride-21
1 mMDTT-31
20 mMTRIS-41
1.0 mMentity-5[U-99% 13C; U-99% 15N]2
100 mMsodium chloride-62
1 mMDTT-72
20 mMTRIS-82
試料状態イオン強度: 0.12 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Felix2007Accelrys Software Inc.解析
Sparky3.115Goddardデータ解析
Sparky3.115Goddardpeak picking
CNSSOLVE2.6Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PSVS1.3Bhattacharya and Montelioneデータ解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION WERE TAKEN AND REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNSSOLVE) AFTER ADDING 1% TO THE UPPER BOUNDARY LIMIT OF THE UPPER DISTANCE RESTRAINTS AND THE VDW LIMIT TO THE LOWER RESTRAINT. PARAM19 WAS USED FOR THE WATER REFINEMENT CALCULATIONS. STRUCTURES WITH 3 OR MORE CLOSE CONTACTS FOLLOWING WATER REFINEMENT, AS DETERMINED BY PSVS, WERE REMOVED FROM THE ENSEMBLE. IN THE END, 17 OUT OF THE 20 CYANA STRUCTURES REFINED EXPLICITLY WITH WATER WERE INCLUDED IN THE FINAL DEPOSITION.
NMR constraintsNOE constraints total: 1726 / NOE intraresidue total count: 1272 / NOE long range total count: 344 / NOE medium range total count: 413 / NOE sequential total count: 515 / Protein phi angle constraints total count: 71 / Protein psi angle constraints total count: 71
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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