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万見
- PDB-2lkx: NMR structure of the homeodomain of Pitx2 in complex with a TAATC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lkx
タイトルNMR structure of the homeodomain of Pitx2 in complex with a TAATCC DNA binding site
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*G)-3')
  • Pituitary homeobox 3
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of gliogenesis / positive regulation of cell proliferation in midbrain / subthalamic nucleus development / hypothalamus cell migration / deltoid tuberosity development / pulmonary vein morphogenesis / superior vena cava morphogenesis / cell proliferation involved in outflow tract morphogenesis / cellular response to glial cell derived neurotrophic factor / left lung morphogenesis ...negative regulation of gliogenesis / positive regulation of cell proliferation in midbrain / subthalamic nucleus development / hypothalamus cell migration / deltoid tuberosity development / pulmonary vein morphogenesis / superior vena cava morphogenesis / cell proliferation involved in outflow tract morphogenesis / cellular response to glial cell derived neurotrophic factor / left lung morphogenesis / prolactin secreting cell differentiation / somatotropin secreting cell differentiation / pulmonary myocardium development / endodermal digestive tract morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / extraocular skeletal muscle development / embryonic heart tube left/right pattern formation / iris morphogenesis / vascular associated smooth muscle cell differentiation / atrial cardiac muscle tissue morphogenesis / atrioventricular valve development / embryonic camera-type eye development / ventricular cardiac muscle cell development / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / lens morphogenesis in camera-type eye / left/right axis specification / response to methamphetamine hydrochloride / embryonic digestive tract morphogenesis / hair cell differentiation / lens fiber cell differentiation / dopaminergic neuron differentiation / camera-type eye development / embryonic hindlimb morphogenesis / determination of left/right symmetry / lens development in camera-type eye / odontogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / midbrain development / response to immobilization stress / outflow tract morphogenesis / anatomical structure morphogenesis / neuron development / ribonucleoprotein complex binding / vasculogenesis / spleen development / regulation of cell migration / animal organ morphogenesis / response to cocaine / phosphoprotein binding / locomotory behavior / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Wnt signaling pathway / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein Pitx/unc30 / OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain ...Homeobox protein Pitx/unc30 / OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Pituitary homeobox 3 / Pituitary homeobox 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Baird-Titus, J.M. / Doerdelmann, T. / Chaney, B.A. / Clark-Baldwin, K. / Dave, V. / Ma, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Solution structure of the K50 class homeodomain PITX2 bound to DNA and implications for mutations that cause Rieger syndrome
著者: Chaney, B.A. / Clark-Baldwin, K. / Dave, V. / Ma, J. / Rance, M.
履歴
登録2011年10月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年5月2日ID: 1YZ8
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pituitary homeobox 3
B: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4313
ポリマ－16,4313
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 30structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Pituitary homeobox 3 / Homeobox protein PITX3 / Paired-like homeodomain transcription factor 3


分子量: 8486.523 Da / 分子数: 1 / 断片: Homeobox DNA binding domain residues 62-121 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PITX3, PTX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75364, UniProt: Q99697*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*G)-3')


分子量: 3887.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4056.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1223D 1H-15N NOESY
1312D 1H-13C HSQC aliphatic
1412D 1H-13C HSQC aromatic
1513D CBCA(CO)NH
1613D C(CO)NH
1713D HNCO
1813D HNCA
1913D HN(CA)CB
11013D H(CCO)NH
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D 1H-13C NOESY aliphatic
11313D 1H-13C NOESY aromatic
11413D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] pitx2 homeodomain, 1 mM DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*C)-3'), 1 mM DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3'), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 15N] pitx2 homeodomain, 1 mM DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*C)-3'), 1 mM DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3'), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMpitx2 homeodomain-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMDNA (5'-D(P*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*C)-3')-21
1 mMDNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')-31
1 mMpitx2 homeodomain-4[U-99% 15N]2
1 mMDNA (5'-D(P*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*C)-3')-52
1 mMDNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')-62
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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