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- PDB-2lkn: Solution structure of the PPIase domain of human aryl-hydrocarbon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lkn
タイトルSolution structure of the PPIase domain of human aryl-hydrocarbon receptor-interacting protein (AIP)
要素AH receptor-interacting protein
キーワードPROTEIN BINDING / FKBP-TYPE DOMAIN / IMMUNOPHILIN HOMOLOG
機能・相同性
機能・相同性情報


GAF domain binding / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / : / aryl hydrocarbon receptor binding / xenobiotic metabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein maturation / : ...GAF domain binding / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / : / aryl hydrocarbon receptor binding / xenobiotic metabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein maturation / : / transcription coactivator activity / nucleoplasm / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / AH receptor-interacting protein, N-terminal FKBP-type PPIase / AIP/AIPL1 / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / TPR repeat region circular profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily ...: / AH receptor-interacting protein, N-terminal FKBP-type PPIase / AIP/AIPL1 / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / TPR repeat region circular profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AH receptor-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Linnert, M. / Lin, Y. / Manns, A. / Haupt, K. / Paschke, A. / Fischer, G. / Weiwad, M. / Luecke, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: The FKBP-Type Domain of the Human Aryl Hydrocarbon Receptor-Interacting Protein Reveals an Unusual Hsp90 Interaction.
著者: Linnert, M. / Lin, Y.J. / Manns, A. / Haupt, K. / Paschke, A.K. / Fischer, G. / Weiwad, M. / Luecke, C.
履歴
登録2011年10月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22013年4月10日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AH receptor-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6751
ポリマ－18,6751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 AH receptor-interacting protein / AIP / Aryl-hydrocarbon receptor-interacting protein / HBV X-associated protein 2 / XAP-2 / ...AIP / Aryl-hydrocarbon receptor-interacting protein / HBV X-associated protein 2 / XAP-2 / Immunophilin homolog ARA9 / FKBP37.7


分子量: 18675.402 Da / 分子数: 1 / 断片: PPIase FKBP-type domain containing residues 1-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIP, XAP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00170

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1322D 1H-15N HSQC
1422D 1H-15N TROSY
1532D 1H-13C HSQC
1623D 1H-15N TOCSY
1723D 1H-15N NOESY
1833D 1H-13C NOESY aliphatic
1933D HNCA
11033D HN(CA)CB
11133D HNCO
11233D CC(CO)NH
11333D H(CC)(CO)NH
11433D (H)CCH-TOCSY
11533D CCH-TOCSY
11633D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM AIP, 10 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 0.05 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
22 mM [U-15N] AIP, 10 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 0.05 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
32 mM [U-13C; U-15N] AIP, 10 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 0.05 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMAIP-11
10 mMsodium phosphate-21
5 mMDTT-31
0.05 mMsodium azide-41
2 mMAIP-5[U-15N]2
10 mMsodium phosphate-62
5 mMDTT-72
0.05 mMsodium azide-82
2 mMAIP-9[U-13C; U-15N]3
10 mMsodium phosphate-103
5 mMDTT-113
0.05 mMsodium azide-123
試料状態イオン強度: 10 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
XwinNMRBruker Biospin解析
FelixAccelrys Software Inc.データ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich構造決定
DiscoverAccelrys Software Inc.精密化
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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