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万見
- PDB-2lkl: Structure of the core intracellular domain of PfEMP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lkl
タイトルStructure of the core intracellular domain of PfEMP1
要素Erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1)
キーワードCELL ADHESION / Helical protein
機能・相同性Acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / c-terminal domain of poly(a) binding protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Vakonakis, I. / Erat, M.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Analysis of the Plasmodium falciparum Erythrocyte Membrane Protein 1 (PfEMP1) Intracellular Domain Reveals a Conserved Interaction Epitope.
著者: Mayer, C. / Slater, L. / Erat, M.C. / Konrat, R. / Vakonakis, I.
履歴
登録2011年10月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7231
ポリマ－9,7231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)39 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1)


分子量: 9722.960 Da / 分子数: 1 / 断片: ATS-Core / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 解説: Modified pET16b vector with 3C-protease site / 遺伝子: var / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The structured core of the intracellular domain of PfEMP1
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1323D CBCA(CO)NH
1423D C(CO)NH
1523D HNCO
1623D HN(CA)CB
1723D H(CCO)NH
1833D (H)CCH-COSY
1913D HNHB
11013D HNHA
11133D 1H-13C NOESY
11213D 1H-15N NOESY
11323D HBHA(CO)NH
11434D 13C-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] ATS-Core, 95 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 1 mM DTT, 0.1 mM DSS, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] ATS-Core, 95 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 1 mM DTT, 0.1 mM DSS, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31 mM [U-13C; U-15N] ATS-Core, 100 % [U-2H] D2O, 1 mM DTT, 0.1 mM DSS, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMATS-Core-1[U-100% 15N]1
95 %H2O-21
5 %D2O-3[U-2H]1
1 mMDTT-41
0.1 mMDSS-51
20 mMsodium phosphate-61
50 mMsodium chloride-71
0.01 %sodium azide-81
1 mMATS-Core-9[U-13C; U-15N]2
95 %H2O-102
5 %D2O-11[U-2H]2
1 mMDTT-122
0.1 mMDSS-132
20 mMsodium phosphate-142
50 mMsodium chloride-152
0.01 %sodium azide-162
1 mMATS-Core-17[U-13C; U-15N]3
100 %D2O-18[U-2H]3
1 mMDTT-193
0.1 mMDSS-203
20 mMsodium phosphate-213
50 mMsodium chloride-223
0.01 %sodium azide-233
試料状態イオン強度: 0.11 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
home built OMEGAHome-builtOMEGA6002
home built OMEGAHome-builtOMEGA5003
home built OMEGAHome-builtOMEGA9504

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.4 Rev 2006.095.11.35Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PIPP4.3.7Garrettchemical shift assignment
Omega_Spectrometer_Operating_SoftwareBeta 6.03b2GE/Brukercollection
X-PLOR NIH2.25Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.25Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1147 / NOE intraresidue total count: 383 / NOE long range total count: 196 / NOE medium range total count: 310 / NOE sequential total count: 256
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.46 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 39 / Maximum lower distance constraint violation: 0.3 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.3 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0208 Å / Distance rms dev error: 0.0017 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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