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万見
- PDB-2ljc: Structure of the influenza AM2-BM2 chimeric channel bound to rima... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ljc
タイトルStructure of the influenza AM2-BM2 chimeric channel bound to rimantadine
要素M2 protein, BM2 protein chimera
キーワードTransport protein/Inhibitor / M2 channel / rimantadine binding / drug complex / TRANSPORT PROTEIN / Transport protein-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host autophagy / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza B matrix protein 2 / Influenza B matrix protein 2 (BM2) / Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2)
類似検索 - ドメイン・相同性
RIMANTADINE / Matrix protein 2 / Matrix protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Pielak, R.M. / Oxenoid, K. / Chou, J.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural investigation of rimantadine inhibition of the AM2-BM2 chimera channel of influenza viruses.
著者: Pielak, R.M. / Oxenoid, K. / Chou, J.J.
履歴
登録2011年9月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M2 protein, BM2 protein chimera
B: M2 protein, BM2 protein chimera
C: M2 protein, BM2 protein chimera
D: M2 protein, BM2 protein chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4015
ポリマ－15,2214
非ポリマー1791
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 75structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
M2 protein, BM2 protein chimera


分子量: 3805.371 Da / 分子数: 4 / 変異: C19S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Influenza A virus, Influenza B virus / 株: H3N2, B/Taiwan/70061/2006 / 遺伝子: BM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9YP62, UniProt: B4UQM4
#2: 化合物 ChemComp-RIM / RIMANTADINE / 1-(1-ADAMANTYL)ETHANAMINE / (R)-1-(1-アダマンチル)エチルアミン


分子量: 179.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21N / コメント: 抗ウイルス剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1423D 1H-15N NOESY
1523D 1H-13C NOESY aliphatic
1623D 1H-13C NOESY aromatic
1733D 1H-15N NOESY
1843D 1H-15N NOESY
1952D 1H-13C HSQC (28m CT)
1101Interleaved HSQC-TROSY
1116Interleaved HSQC-TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] AM2-BM2 peptide, 300 mM DHPC, 40 mM sodium phosphate, 50 mM RIMANTADINE, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] AM2-BM2 peptide, 300 mM [U-99% 2H] DHPC, 40 mM sodium phosphate, 50 mM RIMANTADINE, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.5 mM [U-100% 15N; U-99% 2H] AM2-BM2 peptide, 300 mM [U-99% 2H] DHPC, 40 mM sodium phosphate, 50 mM RIMANTADINE, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.9 mM [U-100% 15N; U-99% 2H] AM2-BM2 peptide, 0.9 mM [U-10% 13C] AM2-BM2 peptide, 300 mM [U-99% 2H] DHPC, 40 mM sodium phosphate, 50 mM RIMANTADINE, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
51.4 mM [U-15% 13C] AM2-BM2 peptide, 300 mM [U-99% 2H] DHPC, 40 mM sodium phosphate, 50 mM RIMANTADINE, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
60.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] AM2-BM2 peptide, 300 mM DHPC, 40 mM sodium phosphate, 50 mM RIMANTADINE, 5.4 mg DNA nanotube, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMAM2-BM2 peptide-1[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]1
300 mMDHPC-21
40 mMsodium phosphate-31
50 mMRIMANTADINE-41
1.5 mMAM2-BM2 peptide-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
300 mMDHPC-6[U-99% 2H]2
40 mMsodium phosphate-72
50 mMRIMANTADINE-82
1.5 mMAM2-BM2 peptide-9[U-100% 15N; U-99% 2H]3
300 mMDHPC-10[U-99% 2H]3
40 mMsodium phosphate-113
50 mMRIMANTADINE-123
0.9 mMAM2-BM2 peptide-13[U-100% 15N; U-99% 2H]4
0.9 mMAM2-BM2 peptide-14[U-10% 13C]4
300 mMDHPC-15[U-99% 2H]4
40 mMsodium phosphate-164
50 mMRIMANTADINE-174
1.4 mMAM2-BM2 peptide-18[U-15% 13C]5
300 mMDHPC-19[U-99% 2H]5
40 mMsodium phosphate-205
50 mMRIMANTADINE-215
0.5 mMAM2-BM2 peptide-22[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]6
300 mMDHPC-236
40 mMsodium phosphate-246
50 mMRIMANTADINE-256
5.4 mg/mLDNA nanotube-266
試料状態イオン強度: 100 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 75 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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