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万見
- PDB-2liq: Solution structure of CCL2 in complex with glycan -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2liq
タイトルSolution structure of CCL2 in complex with glycan
要素CCL2 lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate recognition
機能・相同性: / CCL2 lectin-like / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / carbohydrate binding / Mainly Beta / CCL2 lectin
機能・相同性情報
生物種Coprinopsis cinerea (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Schubert, M. / Bleuler-Martinez, S. / Walti, M.A. / Egloff, P. / Aebi, M. / Kuenzler, M. / Allain, F.H.-T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Plasticity of the beta-Trefoil Protein Fold in the Recognition and Control of Invertebrate Predators and Parasites by a Fungal Defence System
著者: Schubert, M. / Bleuler-Martinez, S. / Butschi, A. / Walti, M.A. / Egloff, P. / Stutz, K. / Yan, S. / Wilson, I.B. / Hengartner, M.O. / Aebi, M. / Allain, F.H. / Kunzler, M.
履歴
登録2011年8月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年8月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.authors
改定 2.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCL2 lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1892
ポリマ－16,6041
非ポリマー5851
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 CCL2 lectin


分子量: 16604.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coprinopsis cinerea (菌類) / 遺伝子: ccl2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3GA02
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]methyl 2-acetamido-2- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 584.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAc[1Me]b1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_1*OC_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 15N-HSQC
1312D NOESY
1413D 15N edited NOESY
1512D 15N F1-filtered,F2-filtered NOESY
1622D NOESY
1722D TOCSY
1822D 13C-HSQC (at natural abundance)
1922D 15N-HSQC (for H/D exchange)
11032D 13C-HSQC for aliphatic region
11132D 13C-HSQC for aromatic region
11233D 13Cedited-NOESY for aliphatic region
11332D 13Cedited NOESY for aromatic region
11433D HNCA
11533D HN(CA)CB
11633D HNCO
11742D 13C-HSQC for aliphatic region
11842D 13C-HSQC for aromatic region
11943D (H)CCH-COSY
12042D 13C F1-filtered TOCSY
12142D 13C F1-filtered NOESY
12242D 13C F1-filtered, F2-filtered NOESY
12343D 13C F1-edited, F3-filtered NOESY for aliphatic region
12443D 13C F1-edited, F3-filtered NOESY for aromatic region
12552D constant-time 13C-HSQC to unambiguously assign the stereochemical methyl groups of VAL and LEU

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CCL2, 1 mM SUGAR (3-MER), 50 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, ~41 mM [U-100% 2H] acetic acid, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CCL2, 1 mM SUGAR (3-MER), 50 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, ~41 mM [U-100% 2H] acetic acid, 100% D2Osample_2100% D2O
solution31 mM [U-100% 15N] CCL2, 1 mM SUGAR (3-MER), 50 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, ~41 mM [U-100% 2H] acetic acid, 90% H2O/10% D2Osample_390% H2O/10% D2O
solution41 mM [U-100% 15N] CCL2, 1 mM SUGAR (3-MER), 50 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, ~41 mM [U-100% 2H] acetic acid, 100% D2Osample_4100% D2O
solution51 mM [U-1% 13C; U-100% 15N] CCL2, 1 mM SUGAR (3-MER), 50 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, 41 mM [U-100% 2H] acetic acid 95%H2O/5% D2Osample_595% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCCL2-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMSUGAR (3-MER)-21
50 mMpotassium phosphate-31
100 mMsodium chloride-41
41 mMacetic acid-5[U-100% 2H]1
1 mMCCL2-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1 mMSUGAR (3-MER)-72
50 mMpotassium phosphate-82
100 mMsodium chloride-92
41 mMacetic acid-10[U-100% 2H]2
1 mMCCL2-11[U-100% 15N]3
1 mMSUGAR (3-MER)-123
50 mMpotassium phosphate-133
100 mMsodium chloride-143
41 mMacetic acid-15[U-100% 2H]3
1 mMCCL2-16[U-100% 15N]4
1 mMSUGAR (3-MER)-174
50 mMpotassium phosphate-184
100 mMsodium chloride-194
41 mMacetic acid-20[U-100% 2H]4
1 mMCCL2[U-1% 13C; U-100% 15N]5
1 mMSUGAR (3-MER)natural abundance5
50 mMpotassium phosphatenatural abundance5
100 mMsodium chloridenatural abundance5
41 mMacetic acid[U-100% 2H]5
試料状態イオン強度: 150 / pH: 4.7 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7503
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAHerrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
NMR constraintsNOE constraints total: 2054 / NOE intraresidue total count: 446 / NOE long range total count: 1119 / NOE sequential total count: 489 / Hydrogen bond constraints total count: 98 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 85 / Protein psi angle constraints total count: 91
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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