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- PDB-2li8: The solution structure of the Lin28-ZnF domains bound to AGGAGAU ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2li8
タイトルThe solution structure of the Lin28-ZnF domains bound to AGGAGAU of pre-let-7 miRNA
要素
  • Protein lin-28 homolog A
  • RNA (5'-R(*AP*GP*GP*AP*GP*AP*U)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / zinc finger / micro RNA / TRANSCRIPTION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glial cell differentiation / positive regulation of cell proliferation involved in kidney development / negative regulation of pre-miRNA processing / RNA 3'-end processing / miRNA catabolic process / protein-RNA adaptor activity / RNA 3' uridylation / pre-miRNA binding / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / pre-miRNA processing ...negative regulation of glial cell differentiation / positive regulation of cell proliferation involved in kidney development / negative regulation of pre-miRNA processing / RNA 3'-end processing / miRNA catabolic process / protein-RNA adaptor activity / RNA 3' uridylation / pre-miRNA binding / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / pre-miRNA processing / positive regulation of cytoplasmic translation / sequence-specific mRNA binding / miRNA binding / stem cell population maintenance / germ cell development / positive regulation of TOR signaling / rough endoplasmic reticulum / translation initiation factor binding / positive regulation of neuron differentiation / stem cell differentiation / cellular response to glucose stimulus / P-body / cytoplasmic stress granule / G-quadruplex RNA binding / negative regulation of translation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Lin-28A-like, second zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain ...: / : / Lin-28A-like, second zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Few Secondary Structures / Irregular / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Protein lin-28 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Allain, F.H.-T. / Loughlin, F.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of pre-let-7 miRNA recognition by the zinc knuckles of pluripotency factor Lin28.
著者: Loughlin, F.E. / Gebert, L.F. / Towbin, H. / Brunschweiger, A. / Hall, J. / Allain, F.H.
履歴
登録2011年8月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein lin-28 homolog A
B: RNA (5'-R(*AP*GP*GP*AP*GP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4494
ポリマ－10,3182
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200lowest energy/fewest violation
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Protein lin-28 homolog A / Lin-28A / Zinc finger CCHC domain-containing protein 1


分子量: 8033.377 Da / 分子数: 1
断片: CCHC-type 1 and CCHC-type 1 zinc finger domain residues 124-186
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSDD1, Lin-28a, LIN28, LIN28A, ZCCHC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon Plus / 参照: UniProt: Q9H9Z2
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*GP*AP*GP*AP*U)-3')


分子量: 2284.443 Da / 分子数: 1 / 断片: hsa-pre-let-7g terminal loop / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 15N-separated NOESY 3D 13C-separated NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1312D 1H-15N HSQC
1432D 1H-13C HSQC aliphatic
1532D 1H-13C HSQC aromatic
1613D CBCA(CO)NH
1733D HN(CA)CB
1813D HNCO
1913D H(CCO)NH
11033D (H)CCH-TOCSY
11132D 1H-1H TOCSY
11232D-F1f-F2f-NOESY
11332D-F2f-NOESY
11433D-F3f-NOESY
11522D 1H-15N HMQC
11622D 1H-1H NOESY
21722D 1H-1H NOESY
11842D 1H-13C HSQC
21913D-F3fe-NOESY
22023D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 1.5 mM beta-mercaptoethanol, 1.6 mM ZnCl2, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Lin28-ZnF, 0.8 mM AGGAGAU, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
210 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 1.5 mM beta-mercaptoethanol, 1.6 mM ZnCl2, 0.8 mM [U-99% 15N] Lin28-ZnF, 0.8 mM AGGAGAU, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
310 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 1.5 mM beta-mercaptoethanol, 1.6 mM ZnCl2, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Lin28-ZnF, 0.8 mM AGGAGAU, 100% D2O100% D2O
410 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 1.5 mM beta-mercaptoethanol, 1.6 mM ZnCl2, 0.8 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] Lin28-ZnF, 0.8 mM AGGAGAU, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMsodium acetate-1[U-99% 2H]1
1.5 mMbeta-mercaptoethanol-21
1.6 mMZnCl2-31
0.8 mMLin28-ZnF-4[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.8 mMAGGAGAU-51
10 mMsodium acetate-6[U-99% 2H]2
1.5 mMbeta-mercaptoethanol-72
1.6 mMZnCl2-82
0.8 mMLin28-ZnF-9[U-99% 15N]2
0.8 mMAGGAGAU-102
10 mMsodium acetate-11[U-99% 2H]3
1.5 mMbeta-mercaptoethanol-123
1.6 mMZnCl2-133
0.8 mMLin28-ZnF-14[U-99% 13C; U-99% 15N]3
0.8 mMAGGAGAU-153
10 mMsodium acetate-16[U-99% 2H]4
1.5 mMbeta-mercaptoethanol-174
1.6 mMZnCl2-184
0.8 mMLin28-ZnF-19[U-10% 13C; U-99% 15N]4
0.8 mMAGGAGAU-204
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1105.61 atm303 K
2105.61 atm283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AV IIIBrukerAV III5001
Bruker AV IIIBrukerAV III6002
Bruker AV IIIBrukerAV III7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Explicit water AMBER ff99 25 ps
NMR constraintsNOE constraints total: 1624 / NOE intraresidue total count: 438 / NOE long range total count: 304 / NOE medium range total count: 353 / NOE sequential total count: 461 / Hydrogen bond constraints total count: 4 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 61 / Protein phi angle constraints total count: 25 / Protein psi angle constraints total count: 24
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy/fewest violation
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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