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- PDB-2lhr: Solution structure of Staphylococcus aureus IsdH linker domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lhr
タイトルSolution structure of Staphylococcus aureus IsdH linker domain
要素Iron-regulated surface determinant protein H
キーワードMETAL TRANSPORT / Heme acquisition / Iron uptake / NEAT domain / Hemoglobin receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


heme binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1270 / Iron-regulated surface determinant protein H / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1270 / Iron-regulated surface determinant protein H / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-regulated surface determinant protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Spirig, T. / Clubb, R.T. / Malmirchegini, G.R. / Robson, S.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Staphylococcus aureus Uses a Novel Multidomain Receptor to Break Apart Human Hemoglobin and Steal Its Heme.
著者: Spirig, T. / Malmirchegini, G.R. / Zhang, J. / Robson, S.A. / Sjodt, M. / Liu, M. / Krishna Kumar, K. / Dickson, C.F. / Gell, D.A. / Lei, B. / Loo, J.A. / Clubb, R.T.
履歴
登録2011年8月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-regulated surface determinant protein H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2801
ポリマ－9,2801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Iron-regulated surface determinant protein H / Haptoglobin receptor A / Staphylococcus aureus surface protein I


分子量: 9280.319 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 467-543 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MW2 / 遺伝子: isdH, harA, sasI, MW1674 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NW39

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure of the domain linking NEAT-2 and NEAT-3 domains of IsdH of Staphylococcus aureus.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HN(CA)CB
1323D CBCA(CO)NH
1423D HN(CA)CO
1523D HNCO
1623D CC(CO)NH
1723D HBHA(CO)NH
1813D HNHA
1913D HNHB
11023D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N TOCSY
11223D (H)CCH-COSY
11333D (H)CCH-TOCSY
11413D 1H-15N NOESY
11523D 1H-13C NOESY
11633D 1H-13C NOESY
11722D 1H-13C HSQC
11832D 1H-13C HSQC
11933D 1H-13C NOESY aromatic
12032D CB(CGCD)HD
12132D CB(CGCD)HE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM [U-100% 15N] IsdH linker, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 100 uM AEBSF protease inhibitor, 0.01 % sodium azide, 7 % D2O, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] IsdH linker, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 100 uM AEBSF protease inhibitor, 0.01 % sodium azide, 7 % D2O, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
31.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] IsdH linker, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 100 uM AEBSF protease inhibitor, 0.01 % sodium azide, 100 % D2O, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMIsdH linker-1[U-100% 15N]1
20 mMpotassium phosphate-21
50 mMpotassium chloride-31
100 uMAEBSF protease inhibitor-41
0.01 %sodium azide-51
7 %D2O-61
1.3 mMIsdH linker-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMpotassium phosphate-82
50 mMpotassium chloride-92
100 uMAEBSF protease inhibitor-102
0.01 %sodium azide-112
7 %D2O-122
1.3 mMIsdH linker-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMpotassium phosphate-143
50 mMpotassium chloride-153
100 uMAEBSF protease inhibitor-163
0.01 %sodium azide-173
100 %D2O-183
試料状態イオン強度: 140 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
PIPPGarrettpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
UNIOHerrmann, Guntert and Wuthrichchemical shift assignment
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurgeometry optimization
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
XwinNMRBruker Biospincollection
CARAKellerchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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