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万見
- PDB-2jtx: NMR structure of the TFIIE-alpha carboxyl terminus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jtx
タイトルNMR structure of the TFIIE-alpha carboxyl terminus
要素Transcription initiation factor IIE subunit alpha
キーワードTRANSCRIPTION / TFIIE / TFIIH / activation domains / p53 / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor TFIIE complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance ...transcription factor TFIIE complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1250 / Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE ...Helix Hairpins - #1250 / Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription factor IIE subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Di Lello, P. / Omichinski, J.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: p53 and TFIIEalpha share a common binding site on the Tfb1/p62 subunit of TFIIH.
著者: Di Lello, P. / Miller Jenkins, L.M. / Mas, C. / Langlois, C. / Malitskaya, E. / Fradet-Turcotte, A. / Archambault, J. / Legault, P. / Omichinski, J.G.
履歴
登録2007年8月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999sequence Author's sequence reflects the S->D conflict of residue 352 between different references, ...sequence Author's sequence reflects the S->D conflict of residue 352 between different references, as indicated in UNP entry P29083.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor IIE subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4931
ポリマ－11,4931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit alpha / TFIIE-alpha / General transcription factor IIE subunit 1 / General transcription factor IIE 56 kDa subunit


分子量: 11493.229 Da / 分子数: 1 / 断片: carboxyl terminus, residues 336-439 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E1, TF2E1 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29083

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1223D HNHA
1323D 1H-15N NOESY
1433D HNCO
1533D HN(CA)CB
1633D CBCA(CO)NH
1733D C(CO)NH
1833D H(CCO)NH
1943D (H)CCH-COSY
11043D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM TFIIE-alpha;, 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
21 mM [U-100% 15N] TFIIE-alpha;, 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TFIIE-alpha;, 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TFIIE-alpha;, 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMTFIIE-alpha;1
20 mMsodium phosphate1
200 mMsodium chloride1
1 mMEDTA1
1 mMTFIIE-alpha;[U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
200 mMsodium chloride2
1 mMEDTA2
1 mMTFIIE-alpha;[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphate3
200 mMsodium chloride3
1 mMEDTA3
1 mMTFIIE-alpha;[U-100% 13C; U-100% 15N]4
20 mMsodium phosphate4
200 mMsodium chloride4
1 mMEDTA4
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityVarianUNITY5001
Varian UnityVarianUNITY6002
Varian UnityVarianUNITY8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1.CVariancollection
NMRPipe2.2Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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