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- PDB-2lgz: Solution structure of STT3P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lgz
タイトルSolution structure of STT3P
要素Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3
キーワードTRANSFERASE / MEMBRANE PROTEIN / CATALYTIC DOMAIN / OLIGOSACCHARYL TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / oligosaccharyltransferase complex / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / post-translational protein modification / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / STT3/PglB/AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 10
データ登録者Huang, C. / Bhaskaran, R. / Mohanty, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Eukaryotic N-Glycosylation Occurs via the Membrane-anchored C-terminal Domain of the Stt3p Subunit of Oligosaccharyltransferase.
著者: Huang, C. / Bhaskaran, R. / Mohanty, S.
履歴
登録2011年8月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4131
ポリマ－31,4131
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / Oligosaccharyl transferase subunit STT3


分子量: 31412.994 Da / 分子数: 1 / 断片: Lumenal domain residues 465-718 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: STT3, YGL022W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39007, EC: 2.4.1.119

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HBHA(CO)NH
1213D 1H-15N TOCSY
1313D 1H-15N NOESY
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D HNHA
1613D H(CCO)NH

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試料調製

詳細内容: 600 uM [U-13C; U-15N; U-2H] protein, 100 mM [U-100% 2H] SDS
溶媒系: [U-100% 2H] SDS
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
600 uMentity-1[U-13C; U-15N; U-2H]1
100 mMSDS-2[U-100% 2H]1
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 328 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA9002

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解析

NMR software名称: CYANA / バージョン: 3 / 開発者: Guntert, Mumenthaler and Wuthrich / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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