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- PDB-2lfg: Solution structure of the human prolactin receptor ecd domain d2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lfg
タイトルSolution structure of the human prolactin receptor ecd domain d2
要素Prolactin receptor
キーワードHORMONE RECEPTOR / Extracellular domain / Cytokine receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin receptor activity / regulation of epithelial cell differentiation / prostate gland growth / mammary gland epithelial cell differentiation / steroid biosynthetic process / activation of Janus kinase activity / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / Prolactin receptor signaling / cytokine binding ...prolactin receptor activity / regulation of epithelial cell differentiation / prostate gland growth / mammary gland epithelial cell differentiation / steroid biosynthetic process / activation of Janus kinase activity / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / Prolactin receptor signaling / cytokine binding / peptide hormone binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / mammary gland alveolus development / regulation of cell adhesion / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of protein autophosphorylation / lactation / embryo implantation / endosome lumen / response to bacterium / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / receptor complex / external side of plasma membrane / lipid binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins ...Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Prolactin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Dagil, R. / Knudsen, M.J. / Kragelund, B.B. / O'Shea, C. / Teilum, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The WSXWS Motif in Cytokine Receptors Is a Molecular Switch Involved in Receptor Activation: Insight from Structures of the Prolactin Receptor
著者: Dagil, R. / Knudsen, M.J. / Olsen, J.G. / O'Shea, C. / Franzmann, M. / Goffin, V. / Teilum, K. / Breinholt, J. / Kragelund, B.B.
履歴
登録2011年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolactin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3431
ポリマ－13,3431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Prolactin receptor / PRL-R


分子量: 13343.341 Da / 分子数: 1 / 断片: Fibronectin type-III 2 domain residues 99-210 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16471

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D C(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D HN(CO)CA
1813D H(CCO)NH
1913D CBCA(CO)NH
11013D HN(CA)CO
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-15N TOCSY
11313D (H)CCH-TOCSY
11413D 1H-13C NOESY aliphatic
11513D 1H-13C NOESY aromatic
11622D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 10 mM sodium phosphate, 10 mM TCEP, 1 mM DSS, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C(1)] protein, 10 mM sodium phosphate, 10 mM TCEP, 0.02 % sodium azide, 1 mM DSS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMprotein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMsodium phosphate-21
10 mMTCEP-31
1 mMDSS-41
0.02 %sodium azide-51
0.5 mMprotein-6[U-100% 13C(1)]2
10 mMsodium phosphate-72
10 mMTCEP-82
0.02 %sodium azide-92
1 mMDSS-102
試料状態pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CYANA2.2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
X-PLOR NIH2.25Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CCPN2.1.5CCPNpeak picking
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilgeswater refinement
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1562 / NOE intraresidue total count: 345 / NOE long range total count: 583 / NOE medium range total count: 634 / Protein phi angle constraints total count: 54 / Protein psi angle constraints total count: 55
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.25 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.34 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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