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万見
- PDB-2leq: Chemical Shift Assignment and Solution Structure of ChR145 from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2leq
タイトルChemical Shift Assignment and Solution Structure of ChR145 from Cytophaga Hutchinsonii, Northeast Structural Genomics Consortium Target ChR145
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / start domains / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Activator of Hsp90 ATPase homologue 1/2-like C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Lee, H. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L.R. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. ...Lee, H. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L.R. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of ChR145.
著者: Lee, H. / Montelione, G. / Prestegard, J.
履歴
登録2011年6月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8161
ポリマ－16,8161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 16816.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)
遺伝子: CHU_2554 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q11S07, UniProt: A0A6N4SU23*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aromatic
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY aliphatic
11213D 1H-13C NOESY aromatic
1132NH J-Modulation
1143NH J-Modulation
1154NH J-Modulation
1162NC J-Modulation
1173NC J-Modulation

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.85 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ChR145, 0.2 % sodium azide, 5 mM DTT, 5 mM CaCl2, 200 mM sodium chloride, 20 mM MES, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.57 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ChR145, 0.2 % sodium azide, 5 mM DTT, 5 mM CaCl2, 200 mM sodium chloride, 20 mM MES, 12.5 mg Pf1 phage, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.57 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ChR145, 0.2 % sodium azide, 5 mM DTT, 5 mM CaCl2, 200 mM sodium chloride, 20 mM MES, 4 % C12E5/Hexanol, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.85 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ChR145, 0.2 % sodium azide, 5 mM DTT, 5 mM CaCl2, 200 mM sodium chloride-25, 20 mM MES-26, 5 % Polyacrylamide-27, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.85 mMChR145-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.2 %sodium azide-21
5 mMDTT-31
5 mMCaCl2-41
200 mMsodium chloride-51
20 mMMES-61
0.57 mMChR145-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.2 %sodium azide-82
5 mMDTT-92
5 mMCaCl2-102
200 mMsodium chloride-112
20 mMMES-122
12.5 mg/mLPf1 phage-132
0.57 mMChR145-14[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.2 %sodium azide-153
5 mMDTT-163
5 mMCaCl2-173
200 mMsodium chloride-183
20 mMMES-193
4 %C12E5/Hexanol-203
0.85 mMChR145-21[U-100% 13C; U-100% 15N]4
0.2 %sodium azide-224
5 mMDTT-234
5 mMCaCl2-244
200 mMsodium chloride-254
20 mMMES-264
5 %Polyacrylamide-274
試料状態イオン強度: 200 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIH2.18Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
PSVSBhattacharya and Montelione構造検証
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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