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- PDB-6yyg: Crystal Structure of 5-(trifluoromethoxy)indoline-2,3-dione coval... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yyg
タイトルCrystal Structure of 5-(trifluoromethoxy)indoline-2,3-dione covalently bound to the PH domain of Bruton's tyrosine kinase mutant R28C
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE / BTK / Covalent fragments / surface entrophy reduction / crystal engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell cytokine production / regulation of B cell apoptotic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / eosinophil homeostasis / proteoglycan catabolic process / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell ...regulation of B cell cytokine production / regulation of B cell apoptotic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / eosinophil homeostasis / proteoglycan catabolic process / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / MyD88 deficiency (TLR2/4) / cellular response to interleukin-7 / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mesoderm development / B cell activation / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / phospholipase binding / cell maturation / positive regulation of B cell proliferation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of phagocytosis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular response to reactive oxygen species / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / apoptotic signaling pathway / calcium-mediated signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of interleukin-6 production / G beta:gamma signalling through BTK / positive regulation of tumor necrosis factor production / DAP12 signaling / G alpha (12/13) signalling events / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity / response to lipopolysaccharide / G alpha (q) signalling events / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular signal transduction / membrane raft / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(trifluoromethyloxy)-1,3-dihydroindol-2-one / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Brear, P. / Wagstaff, J. / Hyvonen, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Optimising crystallographic systems for structure-guided drug discovery
著者: Brear, P. / Fischer, G. / May, M. / Pantelejevs, T. / Mathieu, R. / Rossmann, M. / Wagstaff, J. / Blaszczyk, B. / Hyvonen, M.
履歴
登録2020年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
B: Tyrosine-protein kinase BTK
C: Tyrosine-protein kinase BTK
D: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,89413
ポリマ－79,9324
非ポリマー9629
水3,639202
1
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2904
ポリマ－19,9831
非ポリマー3073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2663
ポリマ－19,9831
非ポリマー2832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0482
ポリマ－19,9831
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2904
ポリマ－19,9831
非ポリマー3073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.649, 67.195, 79.641
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 19983.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-Q1B / 5-(trifluoromethyloxy)-1,3-dihydroindol-2-one


分子量: 217.145 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6F3NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.71 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS 8.5 pH, 32.5% w/v PEG 3350, 200mM MgCl2 500 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→51.06 Å / Num. obs: 52358 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 563050 / Scaling rejects: 94
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-29.42.3363653738710.6480.8032.4741.1100
8.72-51.0610.20.1163516200.9940.0360.11524.899.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BTK

1btk


解像度: 1.95→51.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 8.414 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.199
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2988 2575 5 %RANDOM
Rwork0.2304 ---
obs0.2338 49164 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.74 Å2 / Biso mean: 41.561 Å2 / Biso min: 15.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.69 Å20 Å2-0.35 Å2
2--1.88 Å20 Å2
3----3.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→51.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5206 0 51 202 5459
Biso mean--59.26 41.29 -
残基数----624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135412
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5881.6537302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.221.58111747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2635619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.52721.613310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.17815993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8071543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021184
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.999 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 173 -
Rwork0.422 3518 -
obs--95.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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