[日本語] English
万見
- PDB-2lem: Monomeric Mouse ApoAI(1-216) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lem
タイトルMonomeric Mouse ApoAI(1-216)
要素Apolipoprotein A-I
キーワードLIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC transporters in lipid homeostasis / Chylomicron assembly / Chylomicron remodeling / HDL remodeling / Scavenging by Class B Receptors / HDL clearance / Scavenging of heme from plasma / Scavenging by Class A Receptors / Retinoid metabolism and transport / Heme signaling ...ABC transporters in lipid homeostasis / Chylomicron assembly / Chylomicron remodeling / HDL remodeling / Scavenging by Class B Receptors / HDL clearance / Scavenging of heme from plasma / Scavenging by Class A Receptors / Retinoid metabolism and transport / Heme signaling / high-density lipoprotein particle receptor binding / spherical high-density lipoprotein particle / protein oxidation / regulation of intestinal cholesterol absorption / vitamin transport / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / HDL assembly / cholesterol import / blood vessel endothelial cell migration / high-density lipoprotein particle binding / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / apolipoprotein A-I receptor binding / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / peptidyl-methionine modification / phosphatidylcholine biosynthetic process / glucocorticoid metabolic process / Platelet degranulation / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / positive regulation of phospholipid efflux / lipid transporter activity / positive regulation of cholesterol metabolic process / cellular response to lipoprotein particle stimulus / phospholipid efflux / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid homeostasis / reverse cholesterol transport / chemorepellent activity / high-density lipoprotein particle assembly / lipid storage / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / very-low-density lipoprotein particle / regulation of Cdc42 protein signal transduction / triglyceride homeostasis / endothelial cell proliferation / cholesterol efflux / negative regulation of interleukin-1 beta production / adrenal gland development / cholesterol binding / cholesterol biosynthetic process / positive regulation of Rho protein signal transduction / lipoprotein particle binding / endocytic vesicle / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of stress fiber assembly / phospholipid metabolic process / heat shock protein binding / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / integrin-mediated signaling pathway / phospholipid binding / negative regulation of inflammatory response / amyloid-beta binding / protein stabilization / G protein-coupled receptor signaling pathway / lipid binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Apolipoprotein A-I
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Chen, J. / Wang, J. / Yang, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Structure of Mouse ApoAI(1-216)
著者: Chen, J. / Yang, Y. / Wang, J.
履歴
登録2011年6月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein A-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2641
ポリマ－25,2641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein A-I / Apo-AI / ApoA-I / Apolipoprotein A1


分子量: 25264.043 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 25-240 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Apoa1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00623

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNCA
1323D HN(CO)CA
1423D HN(CA)CB
1523D HN(COCA)CB
1613D 1H-15N NOESY
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D CCC-TOCSY-NNH
1914D 13C15N NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1~1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 0.03 mM DSS, 0.01 mM sodium azide, 10 mM [U-100% 2H] EDTA, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2~1.0 mM [U-13C; U-15N; U-2H] protein, 0.03 mM DSS, 0.01 mM sodium azide, 10 mM [U-100% 2H] EDTA, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMprotein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.03 mMDSS-21
0.01 mMsodium azide-31
10 mMEDTA-4[U-100% 2H]1
25 mMsodium phosphate-51
1.0 mMprotein-6[U-13C; U-15N; U-2H]2
0.03 mMDSS-72
0.01 mMsodium azide-82
10 mMEDTA-9[U-100% 2H]2
25 mMsodium phosphate-102
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
PIPPGarrettchemical shift assignment
VNMRVariancollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxchemical shift calculation
Insight IIAccelrys Software Inc.精密化
CSIJohnson, One Moon Scientificchemical shift calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る