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- PDB-2lba: Solution structure of chicken ileal BABP in complex with glycoche... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lba
タイトルSolution structure of chicken ileal BABP in complex with glycochenodeoxycholic acid
要素BABP protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Ileal Bile Acid Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Recycling of bile acids and salts / Triglyceride catabolism / fatty acid transport / fatty acid binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Zanzoni, S. / Assfalg, M. / Giorgetti, A. / D'Onofrio, M. / Molinari, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Requirements for Cooperativity in Ileal Bile Acid-binding Proteins.
著者: Zanzoni, S. / Assfalg, M. / Giorgetti, A. / D'Onofrio, M. / Molinari, H.
履歴
登録2011年3月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references
改定 1.22011年11月30日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BABP protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0743
ポリマ－15,1751
非ポリマー8992
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 BABP protein


分子量: 15175.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG / 参照: UniProt: F1NUJ7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CHO / GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID / グリコケノデオキシコ-ル酸


分子量: 449.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C26H43NO5 / コメント: 可溶化剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H NOESY
1433D (H)CCH-TOCSY
1533D (H)CCH-TOCSY
1623D 1H-15N NOESY
1723D 1H-13C NOESY aliphatic
1833D 13C-edited 13C-filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM Protein, 1.6 mM GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 3.2 mM GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 3.2 mM GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMProtein-11
1.6 mMGLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID-21
0.8 mMProtein-3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
3.2 mMGLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID-42
0.8 mMProtein-5[U-100% 13C; U-100% 15N]3
3.2 mMGLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID-63
試料状態イオン強度: 30 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRView8.0.a.30Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
HADDOCK2.1Bonvin構造決定
HADDOCK2.1Bonvin精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: refinement in explicit water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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