[日本語] English
万見
- PDB-2lb6: Structure of 18694Da MUP, typical to the major urinary protein fa... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lb6
タイトルStructure of 18694Da MUP, typical to the major urinary protein family: MUP9, MUP11, MUP15, MUP18 & MUP19
要素Major urinary protein 6
キーワードTRANSPORT PROTEIN / lipocalin
機能・相同性
機能・相同性情報


pheromone binding / positive regulation of lipid metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / cellular response to testosterone stimulus / odorant binding / energy reserve metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid ...pheromone binding / positive regulation of lipid metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / cellular response to testosterone stimulus / odorant binding / energy reserve metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / heat generation / small molecule binding / locomotor rhythm / negative regulation of lipid storage / negative regulation of gluconeogenesis / aerobic respiration / mitochondrion organization / glucose homeostasis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / extracellular space / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Major urinary protein / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major urinary protein 6 / Major urinary protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Phelan, M.M. / Mclean, L. / Beynon, R.J. / Hurst, J.L. / Lian, L.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural insights into the specificity of darcin, an atypical major urinary protein.
著者: Phelan, M.M. / Mclean, L. / Beynon, R.J. / Hurst, J.L. / Lian, L.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: 1H, 15N and 13C resonance assignment of a common Major Urinary Protein of the mouse
著者: Phelan, M.M. / Mclean, L. / Beynon, R.J. / Hurst, J.L. / Lian, L.
履歴
登録2011年3月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年11月27日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Major urinary protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3671
ポリマ－20,3671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Major urinary protein 6 / MUP 6 / Alpha-2U-globulin / Group 1 / BS6


分子量: 20366.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57 / 遺伝子: Mup6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02762, UniProt: P04938*PLUS
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D HNCO
1713D HN(CA)CO
1813D HBHA(CO)NH
1913D HBHANH
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-13C NOESY aliphatic
11213D 1H-13C NOESY aromatic
11313D 1H-15N NOESY
11412D CB(CGCD)HD aromatic
11513D (H)CCH-TOCSY aromatic

-
試料調製

詳細内容: 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] MUP11, 25 mM potassium phosphate, 0.2 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMMUP11-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
25 mMpotassium phosphate-21
0.2 %sodium azide-31
試料状態イオン強度: 25 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1.3Bruker Biospincollection
TopSpin2.1.3Bruker Biospin解析
CcpNmr Analysis2.1.5CCPNMRデータ解析
CcpNmr Analysis2.1.5CCPNMRchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.1.5CCPNMRpeak picking
TALOSplusCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle determination
CYANA2.1 and 3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1 and 3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1 and 3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る