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- PDB-5yoz: Solution structure of truncated Rab5a from Leishmania donovani -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yoz
タイトルSolution structure of truncated Rab5a from Leishmania donovani
要素Rab5a
キーワードENDOCYTOSIS / Rab / GTPase / early endocytosis / GTP hydrolysing activity
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle-mediated transport / endosome / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase ...: / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab5a / Putative ras-related protein rab-5
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Maheshwari, D. / Yadav, R. / Mukhopadhyay, A. / Arora, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
CSIRBSC0114 インド
引用ジャーナル: Biophys. J. / 年: 2018
タイトル: Structural and Biophysical Characterization of Rab5a from Leishmania Donovani
著者: Maheshwari, D. / Yadav, R. / Rastogi, R. / Jain, A. / Tripathi, S. / Mukhopadhyay, A. / Arora, A.
履歴
登録2017年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab5a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3821
ポリマ－19,3821
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10210 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Rab5a


分子量: 19382.002 Da / 分子数: 1 / 変異: Q72L, C107S, P58D, P59G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
遺伝子: Rab5a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A109NYM0, UniProt: A4HXY7*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
132isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
142isotropic12D CBHE
152isotropic12D CBHD
162isotropic13D CBCA(CO)NH
1112isotropic13D HN(CA)CB
1102isotropic13D HNCA
192isotropic13D HNCO
182isotropic13D HN(CA)CO
172isotropic13D H(CCO)NH
1152isotropic13D C(CO)NH
1141isotropic23D 1H-15N NOESY
1131isotropic13D 1H-15N TOCSY
1122isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1232isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1242isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution120 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM magnesium chloride, 1 mM GTP, 2 mM DTT, 3 % glycerol, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
solution220 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM magnesium chloride, 1 mM GTP, 2 mM DTT, 3 % glycerol, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O13C-15N_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMmagnesium chloridenatural abundance1
1 mMGTPnatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
3 %glycerolnatural abundance1
0.1 %sodium azidenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
5 mMmagnesium chloridenatural abundance2
1 mMGTPnatural abundance2
2 mMDTTnatural abundance2
3 %glycerolnatural abundance2
0.1 %sodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER, ADAMS, CLORE, GROS, NILGES AND READ精密化
CYANA構造決定
CARA構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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