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万見
- PDB-2lau: Solution structure of the THAP-zinc finger domain 1-81 from the c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lau
タイトルSolution structure of the THAP-zinc finger domain 1-81 from the cell growth suppressor human THAP11 protein
要素THAP domain-containing protein 11
キーワードTRANSCRIPTION / ZINC FINGER / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING DOMAIN / TRANSCRIPTION FACTOR / CCCH / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial transcription / TORC1 complex / electron transport chain / neuron differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...regulation of mitochondrial transcription / TORC1 complex / electron transport chain / neuron differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
THAP / Zinc finger domain in CG10631, C. elegans LIN-15B and human P52rIPK. / THAP-type zinc finger / THAP domain / Zinc finger THAP-type profile
類似検索 - ドメイン・相同性
THAP domain-containing protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Durand, J. / Campagne, S. / Milon, A. / Gervais, V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the THAP domain from the cell growth suppressor human THAP11
著者: Durand, J. / Campagne, S. / Milon, A. / Gervais, V.
履歴
登録2011年3月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THAP domain-containing protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1932
ポリマ－9,1271
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 112structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 THAP domain-containing protein 11


分子量: 9127.448 Da / 分子数: 1 / 断片: THAP-type zinc finger region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THAP11, HRIHFB2206 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96EK4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1422D 1H-1H TOCSY
1522D DQF-COSY
1622D 1H-1H NOESY
1713D CBCA(CO)NH
1813D HNCO
1913D HNCA
11013D HN(CA)CB
11113D HBHA(CO)NH
11213D HN(CO)CA
11333D HNHA
11413D (H)CCH-TOCSY
11533D 1H-15N NOESY
11633D 1H-15N TOCSY
11713D 1H-13C NOESY aliphatic
11813D 1H-13C NOESY aromatic
11913D H(CCO)NH
12013D C(CO)NH
12113D HNHB
12232D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] THAP domain, 50 mM Tris-HCl, 30 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM THAP domain, 50 mM Tris-HCl, 30 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.7 mM [U-99% 15N] THAP domain, 50 mM Tris-HCl, 30 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMTHAP domain-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMTris-HCl-21
30 mMsodium chloride-31
5 mMDTT-41
0.7 mMTHAP domain-52
50 mMTris-HCl-62
30 mMsodium chloride-72
5 mMDTT-82
0.7 mMTHAP domain-9[U-99% 15N]3
50 mMTris-HCl-103
30 mMsodium chloride-113
5 mMDTT-123
試料状態イオン強度: 30 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9502
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospinchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospinpeak picking
TopSpinBruker Biospinデータ解析
TopSpinKeller and Wuthrich解析
TopSpinKeller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpinKeller and Wuthrichpeak picking
TopSpinKeller and Wuthrichデータ解析
CNS1.21Brunger, A.T.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1766 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 672 / NOE medium range total count: 355 / NOE sequential total count: 739
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 112 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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