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- PDB-2l9w: Solution Structure of the C-terminal domain of Prp24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l9w
タイトルSolution Structure of the C-terminal domain of Prp24
要素U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
キーワードSPLICING / RNA BINDING PROTEIN / RRM / U6 snRNP
機能・相同性
機能・相同性情報


U6 snRNP / snRNA binding / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U6 snRNA binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Occluded RNA-recognition motif / Prp24, RNA recognition motif1 / Prp24, RNA recognition motif2 / : / Occluded RNA-recognition motif / LSM-interacting domain / Lsm interaction motif / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif ...Occluded RNA-recognition motif / Prp24, RNA recognition motif1 / Prp24, RNA recognition motif2 / : / Occluded RNA-recognition motif / LSM-interacting domain / Lsm interaction motif / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsLowest Average Pairwise RMSD, model 15
データ登録者Martin-Tumasz, S.A. / Butcher, S.E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: A novel occluded RNA recognition motif in Prp24 unwinds the U6 RNA internal stem loop.
著者: Martin-Tumasz, S. / Richie, A.C. / Clos, L.J. / Brow, D.A. / Butcher, S.E.
履歴
登録2011年2月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8531
ポリマ－13,8531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest average pairwise rmsd

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要素

#1: タンパク質 U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24 / U4/U6 snRNP protein


分子量: 13853.064 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal residues 292-400 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRP24, YM8156.10C, YMR268C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P49960

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The solution structure of the C-terminal domain of Prp24, containing an RRM with flanking alpha helices.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D 1H-15N NOESY
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D HBHA(CO)NH
1713D C(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1922D 1H-13C HSQC aliphatic
11022D 1H-13C HSQC aromatic
11142D 1H-1H NOESY
11223D (H)CCH-TOCSY
11323D 1H-13C NOESY aliphatic
11423D 1H-13C NOESY aromatic
11532D 1H-13C HSQC aliphatic
21612D-NHSQC-IPAP
21752D-NHSQC-IPAP
21813D-Jmodulated-CHSQC
21953D-Jmodulated-CHSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1600 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] L4W, 18 mM potassium phosphate pH 6, 45 mM potassium chloride, 0.9 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2600 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] L4W, 18 mM [U-99% 2H] potassium phosphate pH 6, 45 mM [U-99% 2H] potassium chloride, 100% D2O100% D2O
3600 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] L4W, 18 mM potassium phosphate pH 6, 45 mM potassium chloride, 1 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
4600 uM L4W, 18 mM [U-99% 2H] potassium phosphate pH 6, 45 mM [U-99% 2H] potassium chloride, 100% D2O100% D2O
5600 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] L4W, 18 mM potassium phosphate pH 6, 45 mM potassium chloride, 0.9 mM DTT, 6.5 % DMPC/DHPC q=3, 0.67 mg/mL CTAB, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
600 uML4W-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
18 mMpotassium phosphate pH 6-21
45 mMpotassium chloride-31
0.9 mMDTT-41
600 uML4W-5[U-99% 13C; U-99% 15N]2
18 mMpotassium phosphate pH 6-6[U-99% 2H]2
45 mMpotassium chloride-7[U-99% 2H]2
600 uML4W-8[U-99% 13C; U-99% 15N]3
18 mMpotassium phosphate pH 6-93
45 mMpotassium chloride-103
1 uMDSS-113
600 uML4W-124
18 mMpotassium phosphate pH 6-13[U-99% 2H]4
45 mMpotassium chloride-14[U-99% 2H]4
600 uML4W-15[U-99% 13C; U-99% 15N]5
18 mMpotassium phosphate pH 6-165
45 mMpotassium chloride-175
0.9 mMDTT-185
6.5 %DMPC/DHPC q=3-195
0.67 mg/mLCTAB-205
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16ambient 298 K
26ambient 304 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System6001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJVariancollection
XwinNMRBruker Biospincollection
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
HADDOCK2Alexandre Bonvin精密化
HADDOCK2Alexandre Bonvinデータ解析
UNIO8Torsten Herrmann構造決定
NMR Structure ToolsLawrence J Closデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1379 / NOE intraresidue total count: 460 / NOE long range total count: 284 / NOE medium range total count: 272 / NOE sequential total count: 363 / Hydrogen bond constraints total count: 53
代表構造選択基準: lowest average pairwise rmsd
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.333 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.02 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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