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- PDB-2l7q: Solution NMR structure of conjugate transposon protein BVU_1572(2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l7q
タイトルSolution NMR structure of conjugate transposon protein BVU_1572(27-141) from Bacteroides Vulgatus, Northeast Structural Genomics Consortium Target BvR155
要素Conserved protein found in conjugate transposonConservation
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性Conjugative transposon protein TraQ, bacteroidetes / Conjugal transfer protein TraQ superfamily / TraQ conjugal transfer protein / Uncharacterised protein PF12988, DUF3872 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Conserved protein found in conjugate transposon
機能・相同性情報
生物種Bacteroides vulgatus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. ...Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Solution NMR structure of BT_0084, a conjugative transposon lipoprotein from Bacteroides thetaiotamicron.
著者: Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2010年12月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Database references
改定 1.32012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.42013年1月30日Group: Database references
改定 1.52013年3月6日Group: Database references
改定 1.62023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved protein found in conjugate transposon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6621
ポリマ－14,6621
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Conserved protein found in conjugate transposon / Conservation


分子量: 14662.168 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 27-141 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア)
株: ATCC 8482 / DSM 1447 / NCTC 11154 / 遺伝子: BVU_1572 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pMGK / 参照: UniProt: A6L0P5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1432D 1H-15N HSQC
1532D 1H-13C HSQC
1622D 1H-13C HSQC-CT
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1913D HNCO
11013D HN(CA)CB
11113D CBCA(CO)NH
11213D HNCA
11313D HN(CO)CA
11413D HBHA(CO)NH
11513D H(CCO)NH
11613D C(CCO)NH
11713D (H)CCH-COSY
11813D (H)CCH-TOCSY
11933D CCH-TOCSY
12034D CC-NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.53 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] conjugate transposon protein BVU_1572(27-141) from Bacteroides Vulgatus, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 0.02 mM sodium azide, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.48 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] conjugate transposon protein BVU_1572(27-141) from Bacteroides Vulgatus, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.53 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] conjugate transposon protein BVU_1572(27-141) from Bacteroides Vulgatus, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 10 mM DTT-18, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.53 mMconjugate transposon protein BVU_1572(27-141) from Bacteroides Vulgatus-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES-21
100 mMsodium chloride-31
5 mMcalcium chloride-41
0.02 mMsodium azide-51
10 mMDTT-61
0.48 mMconjugate transposon protein BVU_1572(27-141) from Bacteroides Vulgatus-7[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMMES-82
100 mMsodium chloride-92
5 mMcalcium chloride-102
10 mMDTT-112
0.02 mMsodium azide-122
0.53 mMconjugate transposon protein BVU_1572(27-141) from Bacteroides Vulgatus-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMMES-143
100 mMsodium chloride-153
5 mMcalcium chloride-163
0.02 %sodium azide-173
10 mMDTT-183
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2008Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin2.1.4Bruker Biospincollection
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.25Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.113Goddardデータ解析
PSVS1.4Bhattacharya and Montelione精密化
AutoAssign2.3Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PdbStat5.1(PdbStat)-Roberto Tejero and Gaetano T. Montelione構造決定
PINE Server1Bahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift autoassignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CNS water refinement
NMR constraintsNOE constraints total: 1267 / NOE intraresidue total count: 398 / NOE long range total count: 472 / NOE medium range total count: 48 / NOE sequential total count: 349
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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