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万見
- PDB-2l6r: High resolution NMR structure of gpW (W protein of bacteriophage ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l6r
タイトルHigh resolution NMR structure of gpW (W protein of bacteriophage lambda) at acidic pH
要素Head-to-tail joining protein W (GpW) from bacteriophage origin
キーワードVIRAL PROTEIN / gpW / atom by atom analysis / fast protein folding / downhill protein folding / folding simulations
機能・相同性
機能・相同性情報


viral life cycle / virion component
類似検索 - 分子機能
Head-to-tail joining protein W, gpW / Head-to-tail joining protein W / Head-to-tail joining protein W / Head-to-tail joining protein W superfamily / gpW / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Head completion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, distance geometry
データ登録者Sborgi, L. / Verma, A. / Munoz, V. / de Alba, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: High resolution NMR structure of gpW (W protein of bacteriophage lambda) at acidic pH
著者: Sborgi, L. / Verma, A. / Munoz, V. / de Alba, E.
履歴
登録2010年11月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Head-to-tail joining protein W (GpW) from bacteriophage origin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9891
ポリマ－6,9891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Head-to-tail joining protein W (GpW) from bacteriophage origin


分子量: 6989.052 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-62 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
遺伝子: W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68660*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR model structure for atom by atom analysis of gpW unfolding
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2112D 1H-15N HSQC
2213D HN(CA)CB
2313D CBCA(CO)NH
2413D C(CO)NH
2513D HNCO
2613D HBHA(CO)NH
2713D H(CCO)NH
2813D 1H-15N NOESY
1924D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-13C; U-15N] gpW-1, 20 mM glycine buffer, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] gpW-2, 20 mM glycine buffer, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMgpW-1[U-13C; U-15N]1
1 mMgpW-2[U-13C; U-15N]2
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 293.1 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PIPPGarrettpeak picking
PIPPGarrettchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
TALOS+構造決定
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, distance geometry
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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