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万見
- PDB-2l5k: Solution structure of truncated 23-mer DNA MUC1 aptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l5k
タイトルSolution structure of truncated 23-mer DNA MUC1 aptamer
要素DNA (5'-R(*(N68)P*G)-D(*CP*AP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / NMR solution structure / DYANA and BCE models / TTT triloop containing DNA / truncated DNA MUC1 aptamer sequence / binding nucleotides
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, bioplymer chain elasticity
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Cognet, J. / Baouendi, M. / Hantz, E. / Missailidis, S. / Herve du Penhoat, C. / Piotto, M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Solution structure of a truncated anti-MUC1 DNA aptamer determined by mesoscale modeling and NMR.
著者: Baouendi, M. / Cognet, J.A. / Ferreira, C.S. / Missailidis, S. / Coutant, J. / Piotto, M. / Hantz, E. / Herve du Penhoat, C.
履歴
登録2010年11月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 1.22012年2月1日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-R(*(N68)P*G)-D(*CP*AP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1641
ポリマ－8,1641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-R(*(N68)P*G)-D(*CP*AP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量: 8164.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: This entry contains the NMR solution structures (DYANA models 1-20)and a Biopolymer Chain Elasticity structure (BCE model 21) of the truncated 23-mer DNA MUC1 aptamer. The coordinates of two ...詳細: This entry contains the NMR solution structures (DYANA models 1-20)and a Biopolymer Chain Elasticity structure (BCE model 21) of the truncated 23-mer DNA MUC1 aptamer. The coordinates of two bridging water molcules are available for model 21 upon request to J. Cognet. The 23-mer sequence was extracted from the S1.3/S2.2 total MUC1 aptamer sequence reported previously (Ferreira et al, Tumor Biology 2006). The 23-mer sequence includes all of the nucleotides that bind the VNTR MUC1 peptides. NMR data were obtained for a longer sequence (25-mer with dangling ends on both 5' and 3' ends) but the sequence was shortened to facilitate convergence in the simulated annealing (DYANA) protocol. VNTR peptides are targets for tumour diagnostics and therapeutics.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-1H TOCSY
1222D 1H-13C HSQC
1322D 1H-31P COSY
1422D DQF-COSY
1522D 1H-1H TOCSY
1622D 1H-1H NOESY
1712D 1H-1H TOCSY
1812D 1H-1H NOESY
2932D 1H-1H TOCSY
21032D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*G)-3'), 20 mM sodium phosphate, 5 uM sodium azide, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*G)-3'), 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 uM sodium azide, 100% D2O100% D2O
31 mM DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*G)-3'), 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 uM sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1 mMDNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*G)-3')-11
20 mMsodium phosphate-21
5 uMsodium azide-31
50 mMsodium chloride-41
2 mMDNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*G)-3')-52
20 mMsodium phosphate-62
50 mMsodium chloride-72
5 uMsodium azide-82
1 mMDNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*G)-3')-93
20 mMsodium phosphate-103
50 mMsodium chloride-113
5 uMsodium azide-123
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1506.5ambient 298 K
2506.51 atm264.5 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guntert, Braun and Wuthrich精密化
PROSA6.0.2Guntert解析
XEASY1.2Bartels et al.chemical shift assignment
XEASY1.2Bartels et al.peak picking
NMRPipe1998Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmgeometry optimization
Smol1(SMOL) Pakleza, Santini, Cognet構造決定
精密化手法: simulated annealing, bioplymer chain elasticity / ソフトェア番号: 1
詳細: 100 structures were calculated with DYANA and the 20 structures with the smallest residual target function have been refined by energy minimization with AMBER before being deposited., A model ...詳細: 100 structures were calculated with DYANA and the 20 structures with the smallest residual target function have been refined by energy minimization with AMBER before being deposited., A model with the NMR-defined torsion angles was constructed with the BCE method and AMBER energy refined. It contains 2 bridging water molecules (coordinates available upon request to J. Cognet).
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 24 / NA beta-angle constraints total count: 23 / NA chi-angle constraints total count: 23 / NA delta-angle constraints total count: 23 / NA epsilon-angle constraints total count: 22 / NA gamma-angle constraints total count: 22 / NA other-angle constraints total count: 24 / NA sugar pucker constraints total count: 55 / NOE constraints total: 607 / NOE intraresidue total count: 198 / NOE long range total count: 35 / NOE medium range total count: 4 / NOE sequential total count: 161
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.2 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.1 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0.04 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.14 Å
Torsion angle constraint violation method: potential energy function
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.61 Å / Distance rms dev error: 0.02 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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