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万見
- PDB-2l5g: Co-ordinates and 1H, 13C and 15N chemical shift assignments for t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l5g
タイトルCo-ordinates and 1H, 13C and 15N chemical shift assignments for the complex of GPS2 53-90 and SMRT 167-207
要素
  • G protein pathway suppressor 2
  • Putative uncharacterized protein NCOR2
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / GPS2 / SMRT / TBL1 / co-repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K63-linked ubiquitination / negative regulation of B cell receptor signaling pathway / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to mitochondrial depolarisation / GTPase inhibitor activity / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding ...negative regulation of protein K63-linked ubiquitination / negative regulation of B cell receptor signaling pathway / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to mitochondrial depolarisation / GTPase inhibitor activity / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / negative regulation of JNK cascade / Notch binding / regulation of fat cell differentiation / : / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of fat cell differentiation / Notch-HLH transcription pathway / regulation of lipid metabolic process / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding / JNK cascade / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / lactation / transcription repressor complex / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cyclin binding / B cell differentiation / cerebellum development / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / HDACs deacetylate histones / transcription coregulator activity / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of inflammatory response / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear matrix / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / response to estradiol / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
G protein pathway suppressor 2 / G-protein pathway suppressor / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Myb-like domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain ...G protein pathway suppressor 2 / G-protein pathway suppressor / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Myb-like domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Homeobox-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor corepressor 2 / G protein pathway suppressor 2 / G protein pathway suppressor 2 / Nuclear receptor corepressor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsGPS2/SMRT complex
データ登録者Oberoi, J. / Yang, J. / Neuhaus, D. / Schwabe, J.W.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the assembly of the SMRT/NCoR core transcriptional repression machinery.
著者: Oberoi, J. / Fairall, L. / Watson, P.J. / Yang, J.C. / Czimmerer, Z. / Kampmann, T. / Goult, B.T. / Greenwood, J.A. / Gooch, J.T. / Kallenberger, B.C. / Nagy, L. / Neuhaus, D. / Schwabe, J.W.
履歴
登録2010年11月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G protein pathway suppressor 2
B: Putative uncharacterized protein NCOR2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6412
ポリマ－9,6412
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)35 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド G protein pathway suppressor 2 / GPS2 protein


分子量: 4692.491 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 53-90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種: sapiens / 遺伝子: GPS2 / プラスミド: pET13a / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q6FHM8, UniProt: Q13227*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Putative uncharacterized protein NCOR2


分子量: 4948.668 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 167-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種: sapiens / 遺伝子: NCOR2 / プラスミド: pET41 / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: C9JQE8, UniProt: Q9Y618*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: GPS2/SMRT complex
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C HSQC CT aliphatic
1412D 1H-13C HSQC CT aromatic
1512D 1H-1H NOESY
1612D 1H-1H NOESY (filtered to remove 15N-coupled signals in F1 and F2)
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1913D HN(CA)CB
11013D HBHA(CO)NH
11113D (H)CCH-COSY
11213D CCH-TOCSY
11313D C(CO)NH
11413D 1H-15N NOESY
11513D 1H-13C NOESY aliphatic
11613D 1H-13C NOESY aromatic
11722D 1H-15N HSQC
11822D 1H-13C HSQC
11922D 1H-13C HSQC aliphatic
12022D 1H-1H NOESY filtered to retain only interchain cross-peaks
12132D 1H-15N HSQC
12232D 1H-13C HSQC
12332D 1H-13C HSQC aliphatic
12432D 1H-1H NOESY filtered to retain only interchain cross-peaks
12513D HNHAHB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] GPS2_53-90, 0.4 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SMRT_167-207, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SMRT_167-207, 0.4 mM GPS2_53-90, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.4 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] GPS2_53-90, 0.4 mM SMRT_167-207, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMGPS2_53-90[U-98% 13C; U-98% 15N]1
0.4 mMSMRT_167-207[U-98% 13C; U-98% 15N]1
0.4 mMSMRT_167-207[U-98% 13C; U-98% 15N]2
0.4 mMGPS2_53-902
0.4 mMGPS2_53-90[U-98% 13C; U-98% 15N]3
0.4 mMSMRT_167-2073
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DRXBrukerDRX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
XwinNMR3.6Bruker Biospin解析
Analysis1.0.15CCPNデータ解析
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: xplor-nih
NMR constraintsNOE constraints total: 808 / NOE intraresidue total count: 177 / NOE long range total count: 139 / NOE medium range total count: 325 / NOE sequential total count: 167
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 35 / Maximum upper distance constraint violation: 0.203 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.077 Å / Distance rms dev error: 0.033 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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