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万見
- PDB-2l53: Solution NMR Structure of apo-calmodulin in complex with the IQ m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l53
タイトルSolution NMR Structure of apo-calmodulin in complex with the IQ motif of Human Cardiac Sodium Channel NaV1.5
要素
  • Calmodulin
  • Voltage-gated sodium channel type V alpha isoform b variant
キーワードCA-BINDING PROTEIN/PROTON TRANSPORT / calmodulin / IQ motif / complex / Ca-Binding Protein / CA-BINDING PROTEIN-PROTON TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in bundle of His cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in SA node cell action potential / bundle of His cell action potential / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / AV node cell action potential / SA node cell action potential / AV node cell to bundle of His cell communication / membrane depolarization during SA node cell action potential ...voltage-gated sodium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in bundle of His cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in SA node cell action potential / bundle of His cell action potential / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / AV node cell action potential / SA node cell action potential / AV node cell to bundle of His cell communication / membrane depolarization during SA node cell action potential / response to denervation involved in regulation of muscle adaptation / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / cardiac ventricle development / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / brainstem development / membrane depolarization during AV node cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / : / : / : / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / : / positive regulation of action potential / atrial cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / positive regulation of protein autophosphorylation / : / cardiac conduction system development / telencephalon development / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / membrane depolarization during action potential / positive regulation of sodium ion transport / transporter inhibitor activity / regulation of sodium ion transmembrane transport / : / ventricular cardiac muscle cell action potential / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / voltage-gated sodium channel complex / regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Interaction between L1 and Ankyrins / positive regulation of DNA binding / voltage-gated sodium channel activity / ankyrin binding / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / response to corticosterone / regulation of synaptic vesicle exocytosis / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / odontogenesis of dentin-containing tooth / presynaptic endocytosis / sodium ion transport / Phase 0 - rapid depolarisation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcineurin-mediated signaling / fibroblast growth factor binding / nitric-oxide synthase binding / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / intercalated disc / adenylate cyclase binding / protein phosphatase activator activity / lateral plasma membrane / membrane depolarization / regulation of synaptic vesicle endocytosis / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / catalytic complex / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / activation of adenylate cyclase activity / calcium channel inhibitor activity / presynaptic cytosol / enzyme regulator activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cardiac muscle contraction / titin binding / regulation of calcium-mediated signaling / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / voltage-gated potassium channel complex / calcium channel complex / T-tubule / substantia nigra development / regulation of heart rate / cellular response to calcium ion / cerebellum development / calyx of Held / nitric-oxide synthase regulator activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / adenylate cyclase activator activity / sodium ion transmembrane transport / response to amphetamine / regulation of cytokinesis / protein serine/threonine kinase activator activity / spindle microtubule
類似検索 - 分子機能
Voltage gated sodium channel, alpha-5 subunit / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / : / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium ...Voltage gated sodium channel, alpha-5 subunit / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / : / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-2 / Calmodulin-3 / Sodium channel protein type 5 subunit alpha / Sodium channel protein type 5 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Chagot, B. / Chazin, W.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Solution NMR Structure of Apo-Calmodulin in Complex with the IQ Motif of Human Cardiac Sodium Channel NaV1.5.
著者: Chagot, B. / Chazin, W.J.
履歴
登録2010年10月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
B: Voltage-gated sodium channel type V alpha isoform b variant


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2502
ポリマ－20,2502
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin / CaM


分子量: 16721.350 Da / 分子数: 1 / 断片: calmodulin / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CALM1, CALM, CAM, CAM1, CALM2, CAM2, CAMB, CALM3, CALML2, CAM3, CAMC, CAMIII
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62158, UniProt: P0DP24*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Voltage-gated sodium channel type V alpha isoform b variant


分子量: 3529.107 Da / 分子数: 1 / 断片: Human Cardiac Sodium Channel NaV1.5 IQ motif / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q59H93, UniProt: Q14524*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-1H NOESY
1222D 1H-1H COSY
1312D 1H-15N HSQC
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1813D HNCO
1913D H(CCO)NH
11013D (H)CCH-TOCSY
11122D 1H-1H TOCSY
11213D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] calmodulin, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity_2-2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM entity_1-3, 1 mM entity_2-4, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity_1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMentity_2-2[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMentity_1-32
1 mMentity_2-42
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: restrained molecular dynamic
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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