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万見
- PDB-2l1a: Solution NMR structure of the N-terminal GTPase-like domain of di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l1a
タイトルSolution NMR structure of the N-terminal GTPase-like domain of dictyostelium discoideum Fomin C
要素Formin-C
キーワードactin binding protein / fruiting body formation
機能・相同性
機能・相同性情報


sorocarp spore cell differentiation / macropinosome / culmination involved in sorocarp development / cortical actin cytoskeleton organization / actin filament bundle assembly / actin filament binding / cell-cell junction / gene expression / cytoskeleton / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #530 / : / Formin C, N-terminal domain / : / FHOD1/3 FH3 domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain ...Ubiquitin-like (UB roll) - #530 / : / Formin C, N-terminal domain / : / FHOD1/3 FH3 domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, final refinement in water-shell
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Dames, S.A. / Schoenichen, A. / Stephan, G. / Geyer, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure, dynamics, lipid binding, and physiological relevance of the putative GTPase-binding domain of Dictyostelium formin C.
著者: Dames, S.A. / Junemann, A. / Sass, H.J. / Schonichen, A. / Stopschinski, B.E. / Grzesiek, S. / Faix, J. / Geyer, M.
履歴
登録2010年7月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formin-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0761
ポリマ－12,0761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Formin-C / @


分子量: 12075.733 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal potential GTPase-binding domain, residues 1-100
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: forC, DDB_G0287295 / プラスミド: pGEX-4T1 tev / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54KF1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HNCA
1423D C(CO)NH-TOCSY
1523D CBCANH
1613D HNHA
1723D (H)CCH-TOCSY
1813D HNHB
1923D HACAHB-COSY
11023D HNCO
11122D 13C-{13CO}-1H-13C HSQC
11222D 13C-{15N}-1H-13C HSQC
11323D 1H-15N NOESY
11423D 1H-13C NOESY aliphatic
11523D 1H-13C NOESY aromatic
11633D 1H-13C NOESY aliphatic
11742D 1H-15N HSQC-IPAP
11843D HN(CO)CA Jcaha
11943D HN(CO)CA Jcacb
1201{1H}-15N-NOE
121115N-T1
122115N-T2
12312D 1H-15N HSQC
12422D 1H-13C HSQC
12522D 1H-15N HSQC
12632D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.03 mM [U-100% 15N] forC/ A, 50 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.2 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.03 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] forC/ A, 50 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.2% sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.03 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] forC/ A, 50 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.2% sodium azide, 100% D2O100% D2O
41.03 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] forC/ A, 50 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.2 v/v sodium azide, 8.6 w/v C12E5, 2 v/v hexanol, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.03 mMforC/ A-1[U-100% 15N]1
50 mMpotassium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
0.2 %sodium azide-41
1.03 mMforC/ A-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMpotassium phosphate-62
50 mMsodium chloride-72
0.2 %sodium azide-82
1.03 mMforC/ A-9[U-100% 13C; U-100% 15N]3
50 mMpotassium phosphate-103
50 mMsodium chloride-113
0.2 %sodium azide-123
1.03 mMforC/ A-13[U-100% 13C; U-100% 15N]4
50 mMpotassium phosphate-144
50 mMsodium chloride-154
0.2 v/vsodium azide-164
8.6 w/vC12E5-174
2 v/vhexanol-184
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
X-PLOR精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, final refinement in water-shell
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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