[日本語] English
万見
- PDB-2l07: 1H, 13C, and 15N chemical shifts and structure of brazzein-derive... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l07
タイトル1H, 13C, and 15N chemical shifts and structure of brazzein-derived peptide CKR-PNG
要素Defensin-like protein
キーワードPLANT PROTEIN
生物種Pentadiplandra brazzeana (植物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Dittli, S.M. / Assadi-Porter, F.M. / Rao, H. / Tonelli, M.
引用
ジャーナル: Chem Senses / 年: 2011
タイトル: Structural role of the terminal disulfide bond in the sweetness of brazzein.
著者: Dittli, S.M. / Rao, H. / Tonelli, M. / Quijada, J. / Markley, J.L. / Max, M. / Assadi-Porter, F. / Maillet, E.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Insights into the sweetness of brazzein from beta-hairpin peptides derived from the N- and C- termini of brazzein
著者: Dittli, S.M.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年8月22日Group: Database references
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Defensin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1431
ポリマ－2,1431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Defensin-like protein / Brazzein


分子量: 2143.379 Da / 分子数: 1 / 変異: K3C, C4K, K5R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pentadiplandra brazzeana (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3) RIPL
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE CORRESPONDS TO THE 18 RESIDUE BETA-HAIRPIN PEPTIDE DERIVED FROM THE N- AND C-TERMINI ...THE SEQUENCE CORRESPONDS TO THE 18 RESIDUE BETA-HAIRPIN PEPTIDE DERIVED FROM THE N- AND C-TERMINI OF BRAZZEIN. RESIDUES K3C4K5 OF THE C-TERMINAL STRAND OF WT-BRAZZEIN HAVE BEEN MUTATED TO C3K4R5 IN CKR-BRAZZEIN AND PEPTIDE CKR-PNG.

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: 18 residue beta-hairpin peptide derived from the N- and C-termini of brazzein
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY
11122D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CKR-PNG, 17 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21-2 mM [U-99% 15N] CKR-PNG, 17 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMCKR-PNG-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1-21
17 uMDSS-21
mMCKR-PNG-3[U-99% 15N]1-22
17 uMDSS-42
試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
PSVSBhattacharya and Montelione構造検証
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 88 / NOE intraresidue total count: 30 / NOE long range total count: 9 / NOE medium range total count: 7 / NOE sequential total count: 45 / Hydrogen bond constraints total count: 8 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 13 / Protein psi angle constraints total count: 13
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る