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- PDB-2ky3: Solution structure of GS-alfa-Ktx5.4 synthetic scorpion like -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ky3
タイトルSolution structure of GS-alfa-Ktx5.4 synthetic scorpion like
要素Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4
キーワードTOXIN / alpha/beta scaffold / beta sheet / alpha helix / scoprion K+ toxin / GS-alpha-Ktx5.4 / aKtx5.4 / Mesobuthus tamulus / potassium blocker
機能・相同性Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4
機能・相同性情報
生物種Mesobuthus tamulus (サソリ)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, MOLECULAR DYNAMICS
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Del Rio-Portilla, F. / Ramirez-Cordero, B.E. / Brieba-De Castro, L.
引用
ジャーナル: Chem.Res.Toxicol. / 年: 2014
タイトル: Cytotoxicity of recombinant tamapin and related toxin-like peptides on model cell lines.
著者: Ramirez-Cordero, B. / Toledano, Y. / Cano-Sanchez, P. / Hernandez-Lopez, R. / Flores-Solis, D. / Saucedo-Yanez, A.L. / Chavez-Uribe, I. / Brieba, L.G. / Del Rio-Portilla, F.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Tamapin, a venom peptide from the Indian red scorpion (Mesobuthus tamulus) that targets small conductance Ca2+-activated K+ channels and afterhyperpolarization currents in central neurons.
著者: Pedarzani, P. / D'hoedt, D. / Doorty, K.B. / Wadsworth, J.D. / Joseph, J.S. / Jeyaseelan, K. / Kini, R.M. / Gadre, S.V. / Sapatnekar, S.M. / Stocker, M. / Strong, P.N.
履歴
登録2010年5月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年5月28日Group: Database references
改定 1.32014年7月2日Group: Database references
改定 1.42014年10月8日Group: Database references
改定 1.52020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6141
ポリマ－3,6141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4 / Tamapin


分子量: 3614.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesobuthus tamulus (サソリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 gami / 参照: UniProt: P59869
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 1.8 mM GS-alfa-Ktx5.4 SCORPION TOXIN, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 1.8 mM / 構成要素: GS-alfa-Ktx5.4 SCORPION TOXIN-1
試料状態pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 297 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
VARIAN INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
XEASY_MOLMOL_2K.22K.2Bartels et al.chemical shift assignment
PROCHECK3.5.4Laskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thoデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MOLMOL2k.2Koradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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