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万見
- PDB-2kxh: Solution structure of the first two RRM domains of FIR in the com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kxh
タイトルSolution structure of the first two RRM domains of FIR in the complex with FBP Nbox peptide
要素
  • Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
  • peptide of Far upstream element-binding protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / RRM / FIR / FBP / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA splice site recognition / alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / cell junction / single-stranded DNA binding / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / apoptotic process ...mRNA splice site recognition / alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / cell junction / single-stranded DNA binding / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / apoptotic process / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / Poly-U binding splicing factor, PUF60-like / PUF60, RNA recognition motif 1 / PUF60, RNA recognition motif 2 / PUF60, RNA recognition motif 3 / : / Far upstream element-binding protein, C-terminal ...: / : / : / : / Poly-U binding splicing factor, PUF60-like / PUF60, RNA recognition motif 1 / PUF60, RNA recognition motif 2 / PUF60, RNA recognition motif 3 / : / Far upstream element-binding protein, C-terminal / Far upstream element-binding protein, C-terminal / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Far upstream element-binding protein 1 / Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Cukier, C.D. / Ramos, A. / Hollingworth, D. / Diaz-Moreno, I. / Kelly, G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Molecular basis of FIR-mediated c-myc transcriptional control.
著者: Cukier, C.D. / Hollingworth, D. / Martin, S.R. / Kelly, G. / Diaz-Moreno, I. / Ramos, A.
履歴
登録2010年5月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月18日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_nmr_software ...citation / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
B: peptide of Far upstream element-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0852
ポリマ－25,0852
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Poly(U)-binding-splicing factor PUF60 / 60 kDa poly(U)-binding-splicing factor / FUSE-binding protein-interacting repressor / FBP- ...60 kDa poly(U)-binding-splicing factor / FUSE-binding protein-interacting repressor / FBP-interacting repressor / Siah-binding protein 1 / Siah-BP1 / Ro-binding protein 1 / RoBP1


分子量: 21927.018 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 119-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UHX1
#2: タンパク質・ペプチド peptide of Far upstream element-binding protein 1 / FUSE-binding protein 1 / FBP / DNA helicase V / hDH V


分子量: 3157.519 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-52 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96AE4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D HNCA
1233D (H)CCH-TOCSY
2333D (H)CCH-TOCSY
1443D 13C rejected 1H-13C NOESY
1513D 1H-15N NOESY
1643D 1H-13C NOESY without 13C decoupling during the indirectly acquired proton dimension
1733D 1H-13C NOESY without 13C decoupling during the indirectly acquired proton dimension
2833D 1H-13C NOESY without 13C decoupling during the indirectly acquired proton dimension
1943D 1H-13C NOESY
11023D 1H-13C NOESY
11133D 1H-13C NOESY
21233D 1H-13C NOESY
11343D 1H-13C NOESY optmised for aromatics

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-15N] protein_1-1, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-2, 50 mM sodium chloride-3, 2 mM TCEP-4, 1.25 mM protein_2-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2mM [U-13C; U-15N] protein_1-6, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-7, 50 mM sodium chloride-8, 2 mM TCEP-9, mM protein_2-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.3 mM [U-13C; U-15N] protein_2-11, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-12, 50 mM sodium chloride-13, 2 mM TCEP-14, mM protein_1-15, 100% D2O100% D2O
4mM [U-13C; U-15N] protein_1-16, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-17, 50 mM sodium chloride-18, 2 mM TCEP-19, mM protein_2-20, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
0.6 mMprotein_1-1[U-15N]1
10 mMTRIS-HCl pH 8.0-21
50 mMsodium chloride-31
2 mMTCEP-41
1.25 mMprotein_2-51
mMprotein_1-6[U-13C; U-15N]0.3-0.52
10 mMTRIS-HCl pH 8.0-72
50 mMsodium chloride-82
2 mMTCEP-92
mMprotein_2-100.6-1.42
0.3 mMprotein_2-11[U-13C; U-15N]3
10 mMTRIS-HCl pH 8.0-123
50 mMsodium chloride-133
2 mMTCEP-143
mMprotein_1-150.6-0.73
mMprotein_1-16[U-13C; U-15N]0.3-0.54
10 mMTRIS-HCl pH 8.0-174
50 mMsodium chloride-184
2 mMTCEP-194
mMprotein_2-200.6-1.44
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.068ambient 310 K
20.068ambient 318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
XEASYBartels et al.データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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