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万見
- PDB-2kxe: N-terminal domain of the DP1 subunit of an archaeal D-family DNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kxe
タイトルN-terminal domain of the DP1 subunit of an archaeal D-family DNA polymerase
要素DNA polymerase II small subunit
キーワードTRANSFERASE / DNA polymerase / D-family / small subunit / archara / helical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease I / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
D-family DNA polymerase, DP1 subunit N-terminal domain / DNA polymerase II small subunit, archaeal / DNA polymerase II small subunit, N-terminal domain / DNA polymerase delta/II small subunit family / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Nucleic acid-binding, OB-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase II small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Yamasaki, K. / Matsui, I.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2010
タイトル: Solution structure of the N-terminal domain of the archaeal D-family DNA polymerase small subunit reveals evolutionary relationship to eukaryotic B-family polymerases
著者: Yamasaki, K. / Urushibata, Y. / Yamasaki, T. / Arisaka, F. / Matsui, I.
履歴
登録2010年4月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase II small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5351
ポリマ－8,5351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase II small subunit / DP1 subunit / Pol II


分子量: 8534.804 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-72 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O57863, DNA-directed DNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D DQF-COSY
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCA
1713D HN(CO)CA
1813D (H)CCH-COSY
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-15N TOCSY
11213D 1H-13C NOESY
11313D HMQC-NOESY-HMQC
11412D 1H-15N HSQC
21522D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7-3.3mM sodium phosphate; 0.7-3.3mM [U-99% 15N] sodium phosphate; 0.7-3.3mM [U-99% 13C; U-99% 15N] sodium phosphate; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
23.3mM [U-99% 15N] sodium phosphate; 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMsodium phosphate-10.7-3.31
mMsodium phosphate-2[U-99% 15N]0.7-3.31
mMsodium phosphate-3[U-99% 13C; U-99% 15N]0.7-3.31
3.3 mMsodium phosphate-4[U-99% 15N]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.155.5ambient 318 K
20.155.5ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker DMXBrukerDMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
CNS1.1構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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