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万見
- PDB-2kx6: Signaling state of Photoactive Yellow Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kx6
タイトルSignaling state of Photoactive Yellow Protein
要素Photoactive yellow protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / SAXS / DEER / PYP intermediate / Signaling State / pB
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ramachandran, P.L. / Lovett, J.E. / Carl, P.J. / Cammarata, M. / Lee, J.H. / Yang, J.O. / Ihee, H. / Timmel, C.R. / van Thor, J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: The short-lived signaling state of the photoactive yellow protein photoreceptor revealed by combined structural probes.
著者: Ramachandran, P.L. / Lovett, J.E. / Carl, P.J. / Cammarata, M. / Lee, J.H. / Jung, Y.O. / Ihee, H. / Timmel, C.R. / van Thor, J.J.
履歴
登録2010年4月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年7月18日Group: Experimental preparation
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoactive yellow protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5142
ポリマ－14,3501
非ポリマー1641
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 15structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Photoactive yellow protein / PYP


分子量: 14350.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
株: BN9626 / 遺伝子: pyp / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験タイプ: 2D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
175 uM PYP, 50 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
275 uM PYP, 50 mM TRIS, 10 % glycerol, 50 mM Tris50 mM Tris
34.4 mM PYP, 50-200 mM Sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, H2OH2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Conc. range (mg/ml)Solution-ID
75 uMPYP-11
50 mMpotassium phosphate-21
75 uMPYP-32
50 mMTRIS-42
10 %glycerol-52
4.4 mMPYP-63
mMSodium phosphate-750-2003
20 mMsodium chloride-83
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
105.75ambient 298 K
207.5ambient 50 K
3507ambient 298 K

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 500 MHz
Soln scatterタイプ: x-ray / Buffer name: 20 MM NACL / Conc. range: 64 mg/ml / Detector specific: Mar133: MAR RESEARCH / 検出器タイプ: CCD / Mean guiner radius: 1.46 nm / Sample pH: 7 / Source beamline: ID09B / Source class: Y / Source type: ESRF / 温度: 293 K

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
DEERANALYSIS2006Gunnar Jeschkeデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 15 / 登録したコンフォーマーの数: 14
Soln scatter modelコンフォーマー選択の基準: STRUCTUREs WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
Num. of conformers calculated: 15 / Num. of conformers submitted: 14 / 代表コンフォーマー: 1
Software author list: Grishaev, Wu, Trewhella, Bax, Brunger, Adams, Clore, Delano, Gros, Grosse-Kunstleve, Jiang, Kuszewski, Nilges, Pannu, Read, Rice, Simonson, Warren
Software list: CNS (NIH SAXS version)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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